根据分析，沪通铁路在太仓境内设立的三个内车站分别有不同的定位和业务：
太仓港站：位于沙溪归庄，主要负责货运为主，适合进行物流和货物运输到上海。
太仓站：位于陆渡，以客运为主，方便周边城市如杭州或苏州的交通往来，是居民和企业的基础运输点。
预留太仓南站（建雄大学靠近）：靠近科教新城，便于科研和创新，适合作为科技项目或学术交流的重要站点。
这些车站的设置旨在平衡货运与客运需求，同时合理利用周边资源，确保沪通铁路的高效运输。