首班车：根据目前得到的高铁南京南站时刻表，每天始发车5趟(4趟去北京南内、1趟去上海虹容桥)，分布在7:00至8:00，最早1趟为7:00，最晚1趟为7:50。地铁南京南站客流基本为出站客流，药科大首班车到达南京南站的时间为6:25，迈皋桥首班车到达南京南站的时间为6:33。经过实测，从地铁站至高铁站台候车厅需要5分钟，验票至站台5分钟，共计10分钟左右即可上车，正常情况下，25分钟的余量对乘坐高铁首班车的乘客应该是充裕的。
末班车：药科大末班车(进城方向)开到南京南站的时间为23:30，迈皋桥末班车(去江宁方向)开到南京南站的时间为23:40，而高铁南京南的末班车到站时间为23:20，对于从高铁下车的乘客仅10分钟时间赶地铁进城末班车，时间比较紧张。目前在6月28日启用的新图中已将药科大末班车的开行时间，从23:05延长至23:10，到达南京南站的时间为23:36，基本确保高铁末班乘客能搭乘地铁。