2011年7月，福州地铁屏山站开工在即，福州市文物局得到地铁公司正式回应，同意文物部门进行勘测。
2012年5月，省考古队计划启动福州地铁屏山站的考古发掘工作，施工围挡范围刚好处在福州古城保护的“三山两塔”遗址的核心区内，地铁施工开挖前，须先进行必要的考古发掘工作。
2012年12月，福州考古队工作人员在地铁1号线屏山站工地内发掘出大量古代建筑遗物，年代在西汉到唐五代之间，其中西汉时期的遗物尤为珍贵。省内多名考古专家查看这些出土遗物以及地层后判断，这里是2000多年前闽越王城的宫殿遗址。 但由于这处遗址位于地铁屏山站工地地下，文物专家表示，若不进行考古挖掘，就被地铁站覆盖。假如要进行全面发掘，可能会占用更大的地方，将导致延误地铁工期。因此，在地铁工期与遗址保护之间，是个两难的取舍。
2013年8月，福州屏山地铁站汉代遗址考古重启，预计历时三个月。按照地铁公司安排，2013年春节后考古队员就要进场施工。但事实上，由于地铁工地需要进行防护墙施工，才能确保地下考古发掘的安全，因此2013年8月初，考古队员才开始进场。 按上级安排，屏山地铁站考古将在2013年11月30日截止。
为解决好地铁建设和文物保护之间的矛盾，福州市地铁公司和市文物考古队本着“既有利于文物保护，又有利于经济建设”的方针，经过深入研究，参照国内外其他城市在建设地铁过程中，采取了“统筹兼顾，交叉施工”的原则，地铁建设队伍在完成破除现状路面和围护结构后，立即主动退出场地，将场地交付考古队，二者相互支持、密切配合，基本实现了加快地铁建设和搞好文物保护的协调统一。
在考古现场挖掘期间，遗址是否该为地铁让路引发网民关注。一边，抢救闽越古城遗迹的呼声渐涨，另一边，针对福州市政府和地铁公司的质疑声音不断出现在网络上。
关于”福州屏山一带是福州文物核心保护区，当初在地铁站设计时到底有没有考虑避开？“，福州市政府有关人士回应称，关于屏山一带地铁线路及站点的选择设计，在线网规划、近期建设规划、1号线工可及初步设计研究阶段，始终根据国家相关工程建设规定，积极与文物主管部门沟通协调，开展沿线需保护文物和建筑咨询和调查工作。由国家发改委、住建部、省发改委组织的多次专家评审会，都充分肯定了该段线路走向的合理性。因此，作为福州市的第一条建设线路“轨道交通1号线”沿鼓屏路—八一七路沿线走行是合理的，是符合城市现状条件和未来发展需要的。
2013年11月9日，国家文物局专家抵达福州，当日下午进入屏山站考古现场，开展实地踏勘，并于10日上午召开论证会，与省市有关部门及专家一起，研究发掘结束时间等焦点问题。
屏山站遇到的情况属于“路面下考古挖掘”，相关部门和文物保护专家经过深入研究，决定借鉴北京市在通州运河核心区开发和轨道交通建设中发现通州城墙及瓮城遗址后的做法，对此次屏山站发掘涉及的区域全部掏空，进行遗址切割、三维数字扫描、动静态影像纪录等，并考虑在今后将考古成果进行保护展示。
2013年12月10日，福州市考古队表示，挖掘工作进展顺利，考古队和地铁施工方配合良好，力争于今年年底前将遗址搬迁完毕。福州地铁屏山站3500平方米的施工现场被分为28个探方，两端的10个由地铁施工方继续施工，其余的18个用于考古挖掘工作。按原方案，遗址将切割搬离现场进行保存，待地铁站建成后再迁回展示。考古工作于2014年1月24日结束，在历时5个多月的考古中，共发掘出土文物标本2000多袋，发现文物遗迹241处，遗迹保护切割503块。
2014年春节，福州市博物馆推出《屏山地铁站考古成果展》，展示2013年8月以来地铁屏山站的考古成果。 随后，地铁屏山站进入车站主体施工。
2015年3月，地铁屏山站东入口启动了考古发掘。这一次考古的地点在冶山路口南侧空地上，1500平方米的面积分两期进行，一期从3月中旬启动，5月初结束，地点在冶山路口的空地上；二期计划8月启动，地点在冶山路与鼓屏路交叉口周围的人行道。本次考古虽不影响地铁主干线的施工，但只有考古挖掘后才能进行屏山地铁站东入口的施工，市民希望考古发掘适当提速，不耽搁地铁1号线通车。
2015年5月，地铁屏山站东入口一期抢救性考古发掘工作已接近尾声。此次考古发掘发现，2013年屏山地铁考古发现的河道等重要遗迹都有延伸过来，并有大量的宋代文物出土，说明这一带历史上水系发达，宋时是居民生活区。
地铁屏山站东入口一期考古结束后，考古工地将交给地铁公司。二期争取8月开工,对此次围挡外的鼓屏路冶山路口人行道和围挡内的人行通道共800平方米区域进行考古发掘，工期2个月左右。地铁屏山站东入口考古结束后，地铁屏山站的考古即全部结束。 福州地铁1号线达道站至上藤站区间总长度约1687米，由约200米棚户区隧道+380米矿山隧道+400米下穿闽江段+700米闽江北侧盾构软土段（含孤石）组成。2015年2月16日，该区间盾构机开始穿江掘进。这短短400米的下穿闽江段，被许多参与方案评审的专家感叹为“世界难题”，有专家甚至说：“这是全世界最难的工程，没有之一。”为此，施工方上海市基础工程集团有限公司(原上海市基础工程有限公司)调集200多人的精英队伍，以及包括两台价值超亿元盾构机在内的先进设备，共同为这段承载着榕城“地铁梦”的过江之旅保驾护航。
下穿闽江段属于福州市轨道交通1号线07合同段，由上藤站出发，一路从南向北开挖，将下穿中洲岛，再经江滨中大道、台江路、达江路、新玉环路、大同路，最后至达道站。
闽江地质区间内连贯出现多种地质层对盾构机考验极大通过上述的地质勘察，闽江之底的地质情况才为世人所知。闽江水之下的地质主要以一些砂层为主。地质勘探资料显示，在闽江南岸的江边，有30米左右的岩层，其中软硬不均的岩层长度在12米左右。这12米都则在隧道范围之内。而在闽江之北的18米左右范围内的隧道上面是砂层，隧道下面则是硬度很高的中等风化花岗岩。盾构机在掘进隧道时必须通过南北这两种地层。而这就意味着，闽江过江段的施工风险还是蛮大的。风险主要体现在地质问题上，因为地质一下从极硬的地层马上就过渡到到软硬不均的地层里，对盾构机的考验也是极大的。
地铁隧道分上行、下行双洞,此次过闽江只单洞掘进。上、下行两条过江隧道单向开挖,是因为在隧道施工过程中，同步施工的风险不可控。施工不可避免会对土体造成扰动，需要给不稳定的砂层以足够的时间恢复还原。项目经理郑世兴表示，“两条隧道常规间距要设定在200米以上，而1号线上、下行两条过闽江隧道最小间距仅有6米，考虑到风险的不可控性，所以打算先集中全力穿越由南往北的隧道后，再开挖另一条。”
难题一 地质条件非常复杂
福州多山，这样的地形条件使得岩石风化的程度不一样，造成土层颗粒大小不一致，形成了不同的地质条件。1号线过闽江段需要经过三种土层，分别为：约30米长的全断面硬岩、软硬交界面(上软下硬)以及长约370米左右的江底砂层。土层类型复杂多样，且变化突然，给施工造成极为不利的影响。在前期方案评审时，有专家指出，“这是全世界最难的工程，没有之一”。
因为这样变化多端的地质条件，让盾构机掘进时，需要频繁更换刀具来应对不同的地层，也极大阻碍了施工进度。盾构机每推进一段，都需要检查刀具的使用状况和磨损程度，且在这种土层下开仓换刀风险极高。刚掘进了半个月，就已经更换过一次刀具了。
难题二 江底砂层透水性极强
除了多变的地质条件，在水下施工，隔水也是重中之重。闽江底部基本为砂土，砂层透水性好，这又给施工带来了不小的挑战参与1号线下穿闽江施工的团队里，有不少人曾参与过上海地铁建设，完成过黄浦江的下穿施工。不同于上海以黏土为主、透水性不强的沉积土层，在穿越闽江时，犹如在沙中挖洞。这极容易使盾构机刀片发生饼结(结成泥饼)，陷进砂层，卡住刀盘。
而且由于闽江的水流急，早就冲走了黏土层，造成大部分江底没有隔水层，在高水压的情况下，加上隧道距河床覆土局部的厚度仅有8.3米，盾构机挖掘过程中，很容易出现喷涌、击穿等施工险情。
难题三 江底监测异常困难
穿越闽江时，沙中挖洞最怕的就是压力不能平衡,造成突然坍塌。因此，需要实时监测，根据反馈信息及时应对，保证施工的安全。
对普通水流较缓的江面，在地面进行江底土压监测比较容易。但由于闽江水流急，且潮汐大，使得在江底测量的精确度达不到要求，很难利用监测的手段来设定土压，以确保江底隧道施工顺利掘进。
为保证福州地铁1号线过闽江段顺利施工，上海市基础工程集团有限公司(原上海市基础工程有限公司)新购了2台最新型的德国海瑞克盾构机，每台价值约5000万元，加上备品备件6000万元，总共花费近1.6亿元。新型的盾构机又加装了土压平衡自动控制功能，可以应对闽江底复杂的地层条件。
为了此次下穿闽江施工，上海建工将集团内最强的盾构队伍调到福州地铁施工现场，主管技术、设备、生产的主要领导也都现场指挥。聚集在福州地铁1号线过江隧道的施工人员就有200多人。为保证掘进顺利，施工团队分成2班，24小时轮流不间断施工，每个班组都配齐施工员、技术员、测量员、电工、钳工等。为了确保精细化施工，第一个班子的人员必须等到第二班子的人员到达现场后才能离开，一下去就是12小时，饭都是送进施工现场吃的。
根据最新施工进度，过江段下行线盾构，于2015年7月底中洲岛下行线范围加固结束，随后正式过江推进，掘进到中洲岛加固区后开仓换刀，然后继续往江北岸推进，计划于2016年5月份到达达道站；2015年9月底中洲岛上行线范围加固施工后，上行线盾构即正式过江推进，同样在中洲岛换刀后继续推进，计划于2016年7月份到达达道站。