福州市城市地铁有限责任公司成立于2009年6月20日，是福州市从事城市轨道交通建设和运营的国有独资公司，作为福州市政府全资投入的国有独资公司，全面负责全市地铁项目的投资、规划、建设、运营、管理和沿线地下空间资源的开发利用等工作。
目前，公司下设办公室、监察室、人力资源部、土建工程部、招标合约部、机电设备部、前期部、指挥控制中心、财务部、总工室、安全质量管理部、预（结）算部、审计部、企管部、2号线项目工作部15个部门、资源开发分公司和运营分公司2家分公司、福州轨道交通设计院有限公司和福州交通信息投资运营有限公司2家合资公司。公司现有179多名员工（含资源开发分公司和福州轨道交通设计院有限公司），主要为技术和管理人员。运营分公司现有622名员工，其中管理人员和技术骨干180名。
福州市城市地铁有限责任公司运营分公司于2014年2月成立，2015年1月1日挂牌，负责福州城市轨道交通的运营行车组织、客运服务、设备设施维护维修、新线筹备等业务。运营分公司下设车务中心、车辆中心、维修中心，并设有安全技术部、物资部、企业管理部、人力资源部等部门。
福州市城市地铁有限责任公司资源开发分公司于2013年10月22日举行揭牌仪式。资源开发分公司是福州市城市地铁有限责任公司下属分公司，主要业务涵盖对地铁资源的策划、开发、经营及管理工作。重点对地铁核心资源（广告、通信、商业）、上盖物业开发及土地综合利用、衍生资源（连通通道、地铁文化产品、设备租赁、停车场、仓储物流等）进行开发。
福州轨道交通设计院有限公司于2015年5月9日成立，是由福州市城市地铁有限责任公司、上海市隧道工程轨道交通设计研究院和福州市规划设计研究院三家单位共同出资组建的国有股份制公司，主要负责城市轨道交通线网规划、建设规划、可行性研究、总体技术咨询、总体设计、项目管理、技术审查、可行性研究评估、初步设计审查；城市设计、建筑设计、地下空间开发研究与设计等。 根据2013年9月4日公布的福州市人民政府令第59号，《福州市轨道交通建设管理办法》自2013年11月1日起施行。
办法不仅对地铁的建设提出了要求，还划定了地铁保护区的范围，并对地铁的安全评估做出了要求。
办法指出，轨道交通建设实行“地下优先”原则。轨道交通的地下建设，不受其上方土地所有权、使用权归属的限制。
根据办法，轨道交通建设需要临时占用地下、地表、地上空间的，其上方和相邻的建筑物、构筑物及土地的所有权人、使用权人应当提供必要的便利。
该办法还规定了地铁保护区的范围，保护区分为控制保护区和特别保护区。
规划线路控制保护区的范围为：以轨道规划线路中线为基线，每侧宽度为60米。
在建和建成的线路，控制保护区范围为：地下车站和隧道结构外边线周边外侧50米内；地面车站和高架车站以及线路轨道外边线外侧30米内；出入口、风亭、冷却塔、主变电所、控制中心等建（构）筑物结构外边线以及车辆段（停车场）用地范围外侧10米内；穿过闽江的隧道、桥梁结构外边线外侧100米内。 地铁一号线建设过程中出现围挡围占不规范、行车视觉不通畅、重复围占现象，导致交通拥堵并给百姓出行带来不便；也出现因交通安全辅助设施不完善出现过往车辆冲入围挡情况发生；同时对围挡维护缺失影响城市整体景观；随着地铁二号线陆续开建及其他线路前期工作开展，轨道交通建设势必对福州市交通产生更多影响。
为了加强福州市轨道交通建设施工现场围挡的技术标准，规范围挡管理，保证其使用安全；同时强调全过程管控，减少对交通影响。因此，2016年2月18日，福州市城乡建设委员会制定并印发了《福州市轨道交通建设工程施工现场围挡技术管理规定》。
本规定拟解决五大问题：一是规范围挡设计，保证围挡满足受力要求；二是强调围挡实施前提条件及围挡次数，尽量避免随意围占；三是加强围挡措施设置，减少交通拥堵；四是强调围挡全过程监管及后期维护；五是强调围挡全过程质量安全监督管理。
按照规定，设计单位要充分考虑轨道交通车站主体、盾构施工及附属结构等不同施工阶段要求，优化交通疏解方案，减少围挡翻转次数，一个站点（片区）围占翻转次数原则上不应超过4次。围挡两端应设置告示牌，告示牌内容应包括工程名称以及建设、施工、监理等单位项目负责人、联系电话、起止日期等。
围挡高度应不小于2.5米，围挡应沿着工地四周连续设置，整体密闭；原则上一个施工现场只设置一个主要出入口；有设置出入口必须配备净车出场设施。
交通繁忙、道路狭小路段，围挡内应设置单边通行条件且满足抢险需求。遇斑马线处或距离交通路口20米范围内设置施工围挡的，围挡基础以上部分应采用通透性材料，且在前后一个路口设置交通警示标示。在端头迎车方向及拐弯折转处围挡，顶部明显位置应设置闪烁式LED警示灯及交通引导标示。采用镂空围挡时要防止施工泥浆溅到围挡外路面。