截至2019年，南京地铁已开通运营线路共有10条，分别是、2、3、4、10、S1、S3、S7、S8及S9号线。
1、南京地铁1号线
南京地铁1号线是南京地铁第一条建成运营的线路，于2005年5月15日开通观光运营，同年9月3日正式运营，标志色为蓝色。
地铁1号线途径栖霞区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起迈皋桥站，沿南京主城南北中轴线一路南下，于安德门站向东南转至江宁东山片区，进入江宁大学城，南至中国药科大学站。
2、南京地铁2号线
南京地铁2号线是南京地铁第二条建成运营的线路，于2010年5月28日正式运营，标志色为红色。地铁2号线途径建邺区、鼓楼区、秦淮区、玄武区和栖霞区，线路西起油坊桥站，北上经河西新城中心区域后，沿南京主城东西中轴线一路向东，南绕紫金山，进入仙林大学城，东至经天路站。
3、南京地铁3号线
南京地铁3号线是南京地铁第六条建成运营的线路，也是南京地铁第二条开通的过江线路，于2015年4月1日正式运营，标志色为绿色。
地铁3号线途径浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起江北新区的林场站，下穿长江进入主城一路南下，进入东山副城，南至秣周东路站。
4、南京地铁4号线
南京地铁4号线是南京地铁第七条建成运营的线路，于2017年1月18日正式运营，标志色为紫色。地铁4号线一期工程途径鼓楼区、玄武区、栖霞区和江宁区，线路西起龙江站，由南京主城一路向东，北绕紫金山，进入麒麟新城，东至仙林湖站。
5、南京地铁10号线
南京地铁10号线是南京地铁第一条开通的过江线路，于2014年7月1日正式运营，标志色为香槟色。地铁10号线一期工程途径浦口区、建邺区和雨花台区，线路西起江北新区的雨山路站，经过浦口新城，下穿长江进入河西新城，东至安德门站。
6、南京地铁S1号线
南京地铁S1号线（又称机场线）是南京地铁线网中一条南北走向的线路，于2014年7月1日正式运营，标志色为宝石绿。地铁S1号线途径雨花台区和江宁区，线路北起南部新城的南京南站，一路南下经过江宁东山片区西侧、江宁经济技术开发区、秣陵片区、禄口新城， 南至空港新城江宁站。
7、南京地铁S3号线
南京地铁S3号线（又称宁和线）是南京地铁第八条建成运营的线路，也是南京地铁第三条开通的过江线路，于2017年12月6日正式运营，标志色为粉紫色。
地铁S3号线途经江宁区、雨花台区、建邺区和浦口区，线路东起南部新城的南京南站，一路向西经过雨花经济开发区北部、铁心桥地区、河西新城南部，行驶大胜关长江大桥专用过江通道跨越长江，进入桥林新城，西至高家冲站，是中国唯一一条在桥上与高铁并行的地铁线路。
8、南京地铁S7号线
南京地铁S7号线（又称宁溧线）是南京地铁第十条建成运营的线路，于2018年5月26日正式运营，标志色为薄红梅色。
地铁S7号线途径江宁区和溧水区，线路北起空港新城江宁站，经南京空港枢纽经济区、南京溧水经济开发区，沿秦淮大道穿越溧水副城核心区，进入溧水城南新区，南至无想山站。
9、南京地铁S8号线
南京地铁S8号线（又称宁天线）是南京地铁第五条建成运营的线路，也是南京地铁第一条全线位于长江以北的线路，于2014年8月1日正式运营，标志色为深橘黄色。
地铁S8号线一期工程途径浦口区和六合区，线路南起浦口桥北地区的泰山新村站，沿江北大道一路向北，经过南京高新技术开发区、大厂地区、南京化学工业园区、六合副城，北至金牛湖站。
10、南京地铁S9号线
南京地铁S9号线（又称宁高线）是南京地铁第九条建成运营的线路，于2017年12月30日正式运营，标志色为明黄色。
地铁S9号线途经江宁区、溧水区和高淳区，线路北起翔宇路南站，经铜山、石湫、明觉后，与宁高新通道并线上跨石臼湖，经团结圩，进入高淳城北科技新城，南至高淳站。