轨道交通1号线东起朝天门，西至大学城，远期延伸至璧山，全长约46公里，采用地铁系统。该线路是轨道交通线网东西方向的主干线，也是贯穿渝中区和沙坪坝区的重要交通通道，其高峰小时断面流量和全日客流量在全市轨道交通线网客流预测中均为最大。1号线将与已开通运营的2号线和正在建设的3号线共同形成“大”字型的轨道交通骨架。
1号线分两阶段进行建设。第一阶段建设朝天门～沙坪坝段，线路长约16.5公里，设车站14座，于2007年动工建设，计划于2011年建成通车。第二阶段建设沙坪坝～大学城段，线路长约20.2公里，设车站9座，于2009年动工建设，计划于2012年建成通车。
重庆轨道交通2号线（较场口-新山村）较场口～动物园段长14公里，于2005年6月18日开通运营；2006年7月1日，动物园～新山村段开通，自此，2号线较场口～新山村段全线19.15公里贯通运营。
重庆轨道交通3号线采用跨座式单轨交通系统，为南北方向的轨道交通骨干线，线路连接2个火车站（菜园坝站和龙头寺新火车站）、4个长途汽车站（南坪、菜园坝、红旗河沟和江北客站）、2个城市商业副中心（南坪商业副中心、观音桥商业副中心），是缓解重庆交通难的重要轨道交通干线。3号线建成后，将充分发挥轨道交通容量大、速度快的优势，有效地缓解城市交通困难的矛盾。同时，3号线的建设将对提高轨道交通的运行效率、吸引客流、促进城市经济发展、改善公共交通环境、提高社会效益发挥重大作用。3号线南起鱼洞，北至江北机场，全长约60公里，分三期实施建设。一期工程为二塘~龙头寺；二期工程为龙头寺~江北机场，并延伸到机场远期航站大楼、空港开发区；三期工程从二塘向南延伸至鱼洞。
一期工程（二塘~龙头寺）线路全长约21公里(包括铜元局、两路口、建新路、龙头寺四个隧道)，途经南坪、菜园坝、两路口、牛角沱、观音桥、红旗河沟、新牌坊、江北客站等客流集散点，设18座车站，1座车辆维修基地、1座控制中心、2座主变电站、7座牵引变电所。线路于2007年开工建设，拟于2011年建成试运营。
二期工程起于龙头寺站，向北沿金渝大道、金开大道经过鸳鸯镇、凉井、两路镇至机场高速公路后接入江北机场站。线路长约18公里，设童家院子、尖山立交、经开园、鸳鸯、南山南、南山北、凉井、桐岩、两路、双龙东路、江北机场共12个车站。线路于2009年动工建设，计划于2011年建成通车。
三期工程起于二塘，向南延伸至鱼洞，线路长约14公里，设车站8座，计划于2012年建成通车。
重庆轨道交通6号线起于南岸茶园城市副中心，止于北碚城北新区，并设礼嘉至会展中心支线。线路贯穿了南岸区、渝中区、江北区、渝北区、北部新区、北碚区，联接茶园副中心、CBD（弹子石、解放碑、江北城）商圈、红旗河沟长途汽车站、冉家坝（未来的行政中心）、大竹林、礼嘉、蔡家组团、卫星城市北碚，是重庆市轨道交通线网中一条东南向西北的骨干线路，采用地铁系统。
6号线正线全长约60公里，设车站28座，设车辆段1处、停车场2处、主变电站4座，控制中心与轨道交通1、2、3号线合建于两路口。一期工程（上新街～礼嘉）线路长约23公里，设16座车站，于2009年开工建设，计划于2012年建成通车。
6号线延伸段（上新街～茶园南，礼嘉～五路口）线路长约37公里，设13座车站，计划于2013年建成通车。
6号线支线（礼嘉～会展中心）线路长约12公里，设5座车站，计划于2012年建成通车。