你的问题有点多，一个一个回答；
1.以上时间安排是否可行？
是否可行要看你的喜好，大阪两天周游卡不细说了，先说京都的两天吧，京都要看你的个人喜好了，比如我比较喜欢历史古迹的，肯定要去二条城，北野天满宫，金阁寺，这些地方啦，但是看你列出来的地方一般是女孩比较愿意去的地方，清水寺+二三年坂+八坂神社+祗园+花见小路，基本都挨着，除了寺院，其他的基本都是那种有特色的小路，周边好多小店铺，适合逛街，同理，伏见稻荷大社+四条河原町+锦市场+仙斗町，除了伏见稻荷大社，其他的都是商场类的，适合购物扫货买药妆，如果你比较喜欢逛街，你的安排比较合理，而且据我的比较，京都锦市场那里的药妆是最划算的；
2.京都有没有希望再压缩一下时间？行程如果能够再压缩是不是可以买个关西3日卷去神户玩一天？
京都我觉得比较适合玩5-7天，景点太多了，你想三天玩三个地方有点太走马观花了，不建议再压缩了，已经很压缩了。。。。
3.大阪周游卡是24小时制还是以最早刷卡开始计算?
周游卡是按天算的，从你刷卡的那天开始算两天，不是从你刷卡开始的48小时，所以你第一天到大阪已经下午了，就不要用了，否则就浪费了；
4.落地当天及最后回机场时有没有合适的地铁可以购买
因为你住在心斋桥，所以可以买南海电铁关空地铁套票，1000日元，这个票包含了2个部分，一个是关西机场到南海电铁难波站＋地铁难波站到市内任一地铁站，全程大概50分钟，自动售票机就有买；按照你的行程，应该是机场出来，坐南海电铁到难波站，然后出站走到地铁难波站，坐地铁御堂筋线一站到心斋桥；有几点需要注意，南海电铁难波站出来后，只能从地铁难波站进站坐地铁，这中间多长时间都可以，你甚至都可以在难波附近逛逛街再回住处；自动售票机买票的时候，也有单独卖关西机场到南海电铁难波站的票，不是套票，这个是920日元，所以如果你不认识日文，看价格就可以了，不要买错了，否则单独买地铁票要260日元，多了180日元的开销；还有你回国的时候，可以在心斋桥站买这个套票，到地铁难波站出站，走到南海电铁难波站，坐电铁去关西机场；
再给你贴个网络地图吧，红色的是地铁难波站，蓝色的是南海电铁难波站，要出去换乘