广州地铁下设的事业总部有：运营事业总部，建设事业总部，房地产广告开发事业总部，地铁设计院等。
运营事业总部是最大的事业部，人数占地铁总人数的八成左右。在对外招聘时，运营事业总部会派出自己的人力资源部，所以说，如果是运营事业总部招聘，那你就不可能去其他的事业部。
地铁总公司也会去招聘，招入的人员多是在总公司做文职，比如财务，党群等。
不过广州地铁的运营事业部和总公司的关系是隶属关系，和别的地铁不一样，比如北京的京港地铁公司，是北京地铁卖给他们运营权，来做运营的外单位。
从2008年开始，地铁逐步取消运营事业总部，取而代之的是四大中心：车务中心、维修中心、车辆中心、通号中心。不过目前是过渡阶段，所以是总部与中心并存。