东区附近的“南碱路站”曝光惹争议
根据初步规划，东区的南碱路站位于广东南方制碱有限公司（以下简称南碱厂）厂区路边上，是臭名昭著的污染黑点。不少市民指出，南碱厂是有名的污染黑点，其所处的“南碱路”更成了污染的代名词，故不适合用作地铁站点名，建议将该站改为南村站等其他名称(南村站实为七号线站点，建设中)。另一方面，也有市民到市规划局网站发帖，建议将该站调整到离附近楼盘更近的位置。
市民建议东区附近的两月台再选址
据了解，13号线首期工程10个月台中，南碱路站和南岗站的选址，也遭到了一些市民的争议。
南碱路站位于南碱污染厂区路边上。有市民建议向西北偏移些设在中颐海伦堡小区附近（小区内有85栋18层，生活几万人的巨型生活区），这样可以方便周围居民出行。南岗的月台选址，最好要放在东兴市场或者玩具城，可以分为ABC出口，A为玩具城，B为开发区东区路口的草地，C为当前的西湖（以后的广深快线的出口）的旁边，方便海伦堡，宏康花园业主，以及通往开发区的人们出行。
新方案已弃“南碱路站”
在不久前召开的13号线一期工程初步设计预审查会议中，专家们初步评审通过的方案中，对于13号线一期工程的表述为：鱼珠至象颈岭段线路，约长28公里，共设9座车站，最大站间距为南岗至东洲区间，约为6878米。与之前曝光的规划相比，最大站间距已不再为文园至夏园区间的5429米，且新方案中所公布的南岗至东洲区间的6815米站间距，正好与之前曝光的规划中南岗至南碱路区间与南碱路至东洲区间相加的距离大致相同，由此可见，新方案中所减少的站点便极有可能是南碱路站。 不过，由于该工程尚未得到国家发改委正式批复，因此尚未最终确定。另据悉，由于不赞同“南碱路站”之名，增城市有关部门也已在的初步设计预审查会议上，书面提出了在“温涌河”地区设站的要求。
地铁13号线两站相隔5公里 10万街坊呼吁增站
地铁13号线首段日前传出消息将开始地质勘察，这撩拨着沿线居民的心，特别是南岗站至南碱站之间、开发区东区路口附近的十多万居民，他们渴盼增设站点。规划部门回应说，这是一条快线，所以站距较长，各站点最终方案还未确定，会考虑居民意见。
现场走访：开发区人盼增个站
“我们热切盼望这里增设一个站。”昨日，多名开发区东区路口附近的市民来电呼吁。开发区东区路口位于13号线南岗站和南碱站中间，两站相距约5公里。
记者昨日走访了开发区东区路口一带，发现这里形成了一个集商业、住宅为一体的人流密集区域，楼盘有海伦堡、恒康花园、东方华庭等七八个，还有三个大型商场。1公里范围内，还有广本、立邦涂料、康师傅、联众钢材、三一重工等多家大型企业。粗略估计，人口应该超过10万。
多名住户建议，地铁13号线在南岗和南碱路之间再设一个站，最佳地点在开发区东区路口，可惠及周边十多万人。
最终放弃南碱路站 增加庙头站和温涌路站
备受关注的地铁13号线站点有最新变化。记者从昨日（2010-8-5）的首期工程土建工程监理项目招标中获悉，13号线的首期段土建工程，将于2010年9月动工、2013年建成，建11个站点。与此前公布的10个站点相比，一度引发争议的“南碱路站”取消了，增加了庙头站和温涌路站。
昨日地铁公司公布的招标公告显示，13号线首期设置11座车站（地下11座），其中转线站5座（都在地下），分别为鱼珠站与5号线转乘，丰乐路站与7号线转乘，夏园站与5号线转乘，新塘站与16号线、穗莞深城际线转乘，官湖站与23号线转乘。记者了解到，为加快珠三角同城化的进程，13号线鱼珠至新塘段工程需先期实施。
规划部门：最终方案还在修改
十多万人的心愿能实现吗？
昨日，市规划部门回应，13号线原本设计就是一条快线，所以站距都比较长。现在最终方案还在修改，在立项施工前，市民的意见都有可能被采纳。
地铁13号线站点位置敲定 连通增城九月开工
鱼珠站：可与5号线转乘
鱼珠站为鱼珠-象颈岭段的第一个车站，车站北侧设折返线。车站位于黄埔大道支路茅岗立交南侧的鱼茅路下，为地下两层侧式车站，13号线与5号线两个车站采用十字型岛侧转乘模式。站位北侧主要的建筑物有茅岗立交、富豪家私城、石材加工厂及商铺；车站南侧有鱼木小区、广州市晨钢贸易有限公司钢材仓库及废品回收站。车站周边规划主要为二类居住用地、商业用地、公共绿地、交通设施用地及村经济发展用地。
鱼珠站共设5个出入口，其中5号线Ⅲ、Ⅳ号出入口已投入使用。13号线共设3个出入口，其中1个为远期预留出入口。
丰乐路站：设3个出入口
丰乐路站位于丰乐路与规划海员路交叉路口下，车站沿海员路东西走向布置，为地下两层岛式车站。车站站位所在为黄埔港露天货场，站址西侧为广州港务局黄埔港务公司保养站，南侧为黄埔港及广州黄埔港务公司，东面有金逸雅居、悦涛雅苑。东面规划已基本完善，为居住用地。西面、南面及北面规划为办公、体育、仓库、商业及居住用地。
方案共设置3个出入口通道，其中Ⅰ号出入口设在海员路南侧；Ⅱ号出入口设在丰乐路西侧；Ⅲ号出入口设在海员路北侧。
文园站：临近BRT和黄埔客运站
文园站位于黄埔东路(G107)南侧，与文船路交叉口处，沿黄埔东路呈东西走向。站位上为密集的双岗村民建筑群（密集的2～4层房屋），西北侧是在建的高层住宅楼东港花园，东北侧为广州文冲船厂生活区，东南侧为双岗村，西南侧有个石化加油站。
该方案共设置3个出入口。其中1号出入口位于黄埔东路南侧，文船路西侧，与BRT、黄埔客运站转乘出入口；2号出入口位于黄埔东路南侧，双岗村的西侧；3号出入口位于黄埔东路北侧，红山街道办事处大楼的前面。
庙头站（新增）：南边为南海神庙
庙头站位于黄埔东路南侧的空地上，线路在该段的走向基本为东西走向。本站为地下二层岛式月台。北面为黄埔东路，南边为南海神庙，西边为庙头综合市场，东边为农业银行及农村信用合作社。
庙头站设有三个出入口和一个紧急疏散出口。
夏园站：西面接BRT
夏园站位于黄埔东路北侧下方，线路在该段的走向基本为自西向东。为地下二层岛式月台车站。本站西面是BRT夏园站，北面是丽晶酒店、夏园村委会商旅楼、新起点酒楼，东面是开发大道立交。
夏园站-南岗站区间为2条并行的单线隧道，区间线路总体上呈西南-东北走向，线路出夏园站后，基本上沿黄埔东路下穿，入南岗站。
南岗站：周边房屋密集
南岗站位于黄埔区南岗村南岗山公园前的黄埔东路上，线路在该段的走向基本为西南-东北向，为二层岛式月台车站。本站周边房屋密集，车站北面为富域尚品居、鸿福门酒楼、南岗村街道办等。南面路侧有黄埔区红十字会医院、公交站场、万好万家商务酒店和村民楼，西南面为清布村。
车站主体设于黄埔东路路中间，利用车站配线上空布置设备管理用房并预留物业开发。道路两侧红线边仅设置车站出入口、风亭。地下一层站厅层公共区设有四个出入口，其中2号风亭还设有一个紧急疏散出口。配线上方物业开发区域预留5个出入口。
温涌路站（新增）：东侧有高压电塔
温涌路站推荐方案的站位位于新塘大道西延线与温涌东路的交叉路口东侧，沿新塘大道西延线呈东西走向。车站南侧为新塘新世界花园，北侧是耕地，西侧距车站结构约16米有一桥涵，东侧距车站结构30米处有一高压电塔。车站形式为标准岛式月台。
东洲站：北侧为金融中心（或改为东洲站）
东洲站位于规划107国道与规划道路的交叉路口，沿规划路呈南北走向。站位北侧规划为商业金融中心，南侧为绿地，车站主体设于规划路中间，为地下二层岛式月台车站，站后设停车线，其中停车线部分，利用车站渡线上空布置设备管理用房并预留物业开发。
道路两侧红线边仅设置车站出入口、风亭。地下一层站厅层公共区设有四个出入口和一个预留口，设备管理用房设有一个紧急疏散出口，远期物业开发预留三个出入口。
新塘站：四线转线站
新塘站位于增城区新塘镇新新公路与规划107国道相交的“十”字路口以西的地块下方，与规划107国道斜交。车站为双岛四线转线站，13号线在外侧，16号线在内侧，16号线为规划线路，两条线的车站土建部分同步设计、同步实施。地块内同时实施的还有穗莞深城际铁路车站，为双岛四线高架车站，上跨本站，与本站近似于正交。站址现状为空地。受规划107国道与地块的高差影响，车站共设置4个出入口均位于新塘枢纽地块内，照顾客流主方向。利用站西预留空间设置8个出入口位于规划107国道两侧，实现107国道的过街，这样最大限度地吸引主方向的客流，合理组织乘客乘坐地铁，同时利用预留物业的出入口满足过街功能的需要，避免了人流的交叉和干扰，客流组织顺畅。
官湖站：与规划107国道交汇
官湖站推荐方案的站位位于石新路、规划与23号线转乘、107国道与规划道路的交叉路口西侧，沿规划107国道路呈东西走向。站位所处石新公路现有路面宽度约为15米（含中间绿化带），为双向两车道。车站西侧为密集轻工业开发区（密集的2～4层房屋），北侧、东侧和南侧为一空旷的香蕉园地和龙眼园地。
象颈岭站：唯一一个地面站（现已改地下站）
象颈岭站位于新沙大道。站位东西向横跨新沙大道，线路在该段的走向基本为西－东向。本站为地下一层、地下二层车站，采用岛式月台，站内含折返线及道岔。本站东面为新街村，西面有部分多层住宅，部分需要拆迁，拆迁面积约17473平方米(含公交枢纽范围房屋)。道路两侧设置车站出入口。站厅层公共区设有四个出入口。