11座车站中4站可转乘，十三号线首期工程起始于鱼珠站，沿海员路、黄埔东路、旧107国道、新塘大道西延线、新107国道敷设，至新沙公路象颈岭站，线路主要经过黄埔区、增城区。线路全长27.03公里，设鱼珠、丰乐路、文园、庙头、夏园、南岗、温涌路、东洲、新塘、官湖、象颈岭等11座车站（站名为暂定名），均为地下站，平均站间距约2.6km；设转线站4座，分别为鱼珠站与五号线转乘，丰乐路站与七号线转乘，夏园站与五号线转乘，新塘站与十六号线、穗莞深城际线转乘，官湖站与23号线转乘；在官湖站南侧设置车厂（含控制中心）1座，在夏园、新塘站附近各设置1座主变电站。
值得注意的是，《广州市轨道交通2015 年建设规划环境影响报告书》审查意见指出“象颈岭位于饮用水源保护区范围内的车厂须重新选址”。因此，已将车厂另外选址在官湖站的南侧。