从2003年09月起，各公交公司、过江渡轮将对持羊城通卡乘坐车（船）者恢复按物版价部门核定的标权准收费，但乘地铁仍可享受九五折优惠。同时，羊城通将在近期推出透明卡。
广州市公交电子收费羊城通系统自2001年12月30日投入试运行以来，为配合系统的应用推广，各公交公司主动让利给乘客，均实行乘车（船）九五折优惠措施。但长期的让利也增加了公交公司的负担。在征得有关部门同意后，公交公司取消了优惠。多数市民表示，使用羊城通主要是图方便，而不在乎九五折折扣。但也有市民提出，羊城通取消优惠太突然，应该先听取消费者的意见。对于部分低收入阶层来说，虽然折扣率不是很高，但积少成多，仍可节省不少钱。