雍和宫站2号线车站在交汇口东，5号线车站在交汇口南。两座车站都是地下车站，2号线为岛式站台设计，5号线为较特殊的错层岛式站台设计。
雍和宫以及周边是中国文化的思想库，具有很强的民族性，是包涵文化理念的游览胜地，宣扬中国哲学思想文化，对中国味道的强化是设计中的重点。各种景致的运用，将使设计贴近地理和文化环境。营造本站金碧辉煌的视觉效果，表现厚重的文化感。
雍和宫站是北京地铁5号线中，唯一一座纵向立了三排大柱子的站台。站台采用复合式，两侧站台中间有一个错层的台阶。施工方向记者介绍说，这是出于对文物保护的考虑在已有的站台上行方向垒了一层。
雍和宫站站内壁画
雍和宫站的立柱全部采用正红色，护栏全都采用汉白玉雕花制成。雕花护栏在错层之间一字排开，图案包括龙、牡丹等中国传统图案。
此外，站内的两张巨幅镀金壁画将车站装饰得金碧辉煌，极具东方神韵。