本市轨道交通（除机场线外）实行计程限时票制，具体票价方案为起步6公里（含）内3元，回6公里至答12公里（含）4元，12公里至22公里（含）5元，22公里至32公里（含）6元，32公里以上部分，每增加1元可乘坐20公里。票价不封顶。乘客乘坐轨道交通一次行程在付费区内最多可停留4小时；票价计算采用最短路径法，即：当两个站点之间有超过1条换乘路径时，选取里程最短的一条路径作为两站间票价计算依据。
大兴线（天宫院至公益西桥）的单程最高票价为5元。
使用一卡通卡在轨道交通月支出累计满一定金额的乘客给予阶梯折扣优惠。即：每自然月内，乘客使用同一张一卡通卡乘坐轨道交通支出累计满100元后，从下一次乘车时给予8折优惠；满150元后，从下一次乘车时给予5折优惠；支出累计达到400元后，不再享受打折优惠。一卡通卡轨道交通支出累计记录每自然月底清零，下自然月重新累计。