预留车站是计划修建但未修建，仅仅预留加站条件的车站，预留车站在远期可能会随着城市规划修建，13号线当时设计的时候预留了几个车站，地铁部门计划在两三年内建成北部预留的两三个车站，在方便沿途居民出行的同时，也起到分流乘客、缓解拥堵的作用。根据计划，北京地铁将启动13号线建材城东路站和清华东站的建设工作。
学院南路站：位於学院南路与13号线的交口处，起初计划修建，但因拆迁等问题改为预留车站。规划2020年前加站转乘9号线北延线。
北四环西站：又称“保福寺站”，位於13号线与四环路交口，保福寺附近。规划2020年前加站转乘18号线。
清华东路西口站：位於双清路，清华东路交口北，早期称作北京林业大学站，後规划时期改名清华东站，为13号线建成时就预定的车站（有正式编号），但是属於有编号无车站的预留站，定於15号线一期西段建成时开放15号线站台，改名清华东路西口站，但13号线站厅还在建设中，尚不能转乘。
13号线增设清华东站，工程并不复杂，但难在不中断运营的情况下施工建设。规划部门正在对清华东站的具体站位、结构形式和转乘方式做深化设计，确保这座新增车站与15号线一期西段同步开通运营。清华东站的转乘也是架空站转地下站，步行距离会稍长。
建材城东路站：位於建材城东路延长线与13号线轨道的交口处。考虑到北部地区发展快速，居民社区增加，此站开通被提示日程，但建设日期尚无定论。
来广营西站：位於来广营桥附近，未有修建计划。
北四环东站：又称“望和桥站”，位於北四环望和桥附近，计划2020年前加站与18号线，17号线转乘。