深圳地铁13号线是石岩线。线路全长约27km，途经石岩、联系留仙洞总部基专地、科技园、后海，属覆盖了深圳整个中部发展轴。地铁13号线的建设缓解深圳湾口岸的交通拥堵，并将其改造为综合交通枢纽。
深圳市城市轨道交通13号线工程线路南起深圳湾口岸，主要沿科苑大道-同发路-沙河西路-宝石路-田心大道-观光路-松白路-长春路走行，终点位于深莞边界。线路全长约45.4km，全为地下线，设车站22座，其中换乘车站14座。设置公明车辆段和羊台山停车场。设置3座主变电所(利用在建6号线1座，新建2座)。控制中心设置于深圳线网控制中心NOCC内。
深圳地铁13号线设车站16座，其中换乘车站11座。由南向北依次为深圳湾口岸站、登良东站、后海站、科苑站、深大东站、深大站、科兴站、松坪站、西丽火车站、石鼓站、留仙洞站、白芒站、应人石站、罗租站、宝石路站和上屋北站。交通规划专家认为，地铁13号线未来建成后，将有效缓解目前附近区域的交通拥堵压。