2004年12月28日，是深圳市交通质的飞跃的一天。这天下午15时，地铁罗宝线一期工程与龙华线正式运营，全长21.9公里，是深圳市建市以来最大的市政建设项目。罗宝线由罗湖出发，沿深南大道直抵世界之窗，至今仍是最为骨干的线路。龙华线由福民开往少年宫，仅安排一列列车单轨运行。
经历了2年半的真空期之后，深圳地铁终线网图于又有更新。2007年6月28日，为配合当年8月15日开通的福田口岸边境检查站，龙华线福田口岸站开通运营，并结束了单轨运行的历史，实现双线运行。此外，与福田口岸对接的九广东铁（现港铁东铁线）落马洲支线亦于8月15日下午4时开始运营。
2008年8月15日，在福田口岸开通一周年之际，龙华线皇岗站更名为福田口岸站，解决了广大旅客分不清皇岗口岸与福田口岸的问题。
深圳地铁的建设开通自从一期工程开通之后，一直处于低迷状态。终于在2009年9月28日，罗宝线又开通了三个站——白石洲、高新园、深大。虽然只有短短几公里，却伸入了一个新的片区——科技园片区，一定程度上解决了该片区各大公司员工的通勤难问题。
随着2011大运会的临近，正在建设的五条线路都加快了步伐。2010年12月28日，长15公里的蛇口线一期（赤湾-世界之窗）及长25公里龙岗线高架段（双龙-草埔）开通试运营，受到市民热捧。而龙龙岗线更是首次来到了位于曾经特区之外的龙岗区，并脱网运营，其他线路的乘客需要自行换乘其他交通工具来到沿线车站。
根据深圳北站的建设进度，龙华线二期工程（莲花北-清湖）计划于2011年6月16日开通。届时，深圳市民可以从市区搭乘该条线路前往深圳北站，乘坐高铁前往广州、长沙、武汉，厦门等地。此外，本条线路将极大方便龙华片区居民的通勤。
2011年可谓是深圳地铁井喷式增长的一年。2011年6月30日，环中线、龙岗线（水贝-益田）以及罗宝线（桃园-机场东）将开通运营，完成当年既定的目标。而蛇口线二期工程（侨城北-新秀）由于工期问题，或延迟一个月通车。
根据蛇口线一期开通发行的纪念票上的数据，2011年7月28日，深圳市轨道交通二期工程最后一段——蛇口线二期（侨城北-新秀）开通运营。至此，深圳市轨道交通二期工程155公里的线路全部运营。届时，四通八达的深圳地铁 将贯通众多大型交通枢纽与居民区，并连接众多卫星城，让深圳交通正式踏上新的台阶。