没有关系，它们是两家不同的公司。
北京京港地铁有限公司（简称京港地铁）是一个致力于地铁建设、运营、管理的专业化公司。公司是在北京市加大基础设施投资体制改革力度的历史条件下，由北京市基础设施投资有限公司、北京首都创业集团有限公司和香港地铁有限公司共同出资组建。
北京市地铁运营有限公司其前身为北京市地下铁道总公司，是国有独资的特大型专门经营城市轨道交通运营线网的专业运营商。拥有职工一万余名。
(6)北京地铁营运公司扩展阅读：
京港地铁发展历程
2006年1月16日，公司取得工商营业执照，公司正式成立；
2006年4月12日，公司与北京市政府正式签署《北京地铁四号线项目特许协议》；
2008年11月27日，公司签署《北京轨道交通大兴线委托运营项目意向协议书》；
2009年9月28日，四号线正式开通试运营；
2015年12月26日，14号线中段【北京南站—金台路（不含）】开通试运营。
2017年12月30日，北京地铁14号线平乐园站、16号线农大南路站随S1线、西郊线、燕房线开通。