自2016年3月21日起，轨道交通16号线开行“大站车”，即部分列车越站运行，同时仅停靠龙阳路、罗山路、新场、惠南、滴水湖5座车站上下客。大站车单程运行时间较普通车缩短约12分钟。
本次“大站车”开行时段覆盖工作日、节假日，为龙阳路至滴水湖双向运行，但工作日早高峰往龙阳路方向的列车除外。“大站车”停靠站点为：龙阳路、罗山路、新场、惠南、滴水湖；越行站点为：华夏中路、周浦东、鹤沙航城、航头东、野生动物园、惠南东、书院、临港大道。“大站车”均为3节编组列车，单程运行时间比普通车缩短12分钟左右。而普通车的开行方式及首末班车时间保持不变。同时，由于近期整体客流涨幅较快，为确保安全，16号线鹤沙航城、新场、惠南等车站，在工作日早高峰时段仍将采取限流措施。
需要注意的是，在工作日早高峰期间，由于往龙阳路方向已上线6节编组列车“3-6”编组混跑增加运力，因此在此时间段内，往龙阳路方向不开行“大站车”，首班“大站车”（滴水湖站开往龙阳路站）的时间为8点58分，早高峰往市中心方向的乘客应特别留意。
另外，滴水湖与龙阳路两端终点站始发的“大站车”与“普通车”候车站台位置不同，上述两座车站的“大站车”候车站台均为指定的2号站台，乘客可按照车站导向标识及广播等引导正确乘坐。而其他“大站车”途经车站与“普通车”在同一站台候车，因此地铁运营方建议等候“大站车”的乘客为“普通车”的乘客让出上下车通道。
16号线（滴水湖-罗山路）在2013年年底开通初期，曾推出“大站车”运行模式，经过一段时间的试点，结合16号线当时的客流特征及乘客需求，缩短普通车间隔，暂时取消“大站车”。在此期间，“大站车”的各项设备升级、调试演练工作并没有中断。随着目前16号线的持续增能、运营方案调整优化以及新的客流变化，再次启动“大站车”运行方案，满足乘客出行的需要。