科学馆站主体结构是地下二层，采用盖挖法施工。总建筑面积11305．6平方米。车站地下一层为车站站厅层，是乘客办理进出站手续的集中活动场所，主要布置管理用房和部分设备用房；车站地下二层是站台层，采用岛式站台，车站总长222．5米，屏蔽门长136．5米。
科学馆站建筑装修设计体现周边建筑环境文化特点，装修风格简洁、明快，体现地铁车站安全、快捷的特点和科技风格。
科学馆站远期早高峰客流量为15003人次/小时，设计客流量为19504人次/小时，站台层至站厅层设两部上行自动扶梯和一台垂直电梯，及三处楼梯。
深圳科学馆地铁站到深圳仙湖最近地铁站
公交线路：202路，全程约13.4公里
1、从科学馆步行约340米,到达市总工会站内
2、乘坐202路,经过15站,
到达仙湖容植物园站
地铁蛇口线
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382路
54分钟
11公里,换乘1次,步行700米
1、从科学馆步行592米至燕南(A口进)乘地铁蛇口线(经3站|12分钟)
2、在黄贝岭下车(C口出)步行105米至黄贝岭地铁站①乘382路(经7站|31分钟)
3、到仙湖植物园下车，到达仙湖植物园