北京西站在建设的过程中时就成为颇受争议的建筑，争论的焦点正是耸立于北站房上的复古式亭子，以及正中的巨大孔洞。有评论认为这是成功结合了古都风貌和现代感的建筑群体，但也有专家认为这是一个在“夺回古都风貌”的口号下出现的“复古倒退”的败笔。
1986年开始，时任北京市市长、市委书记陈希同提出“维护古都风貌”口号，从而使北京这一时期的许多建筑都用加盖大屋顶来赋予当代建筑以传统元素。当代中国建筑大师张开济是对这种风气的主要反对者，曾多次对此进行强力批评。他认为北京西站也是“夺回古都风貌”的主要极端化发展举动之一，以“建筑戴帽”作为“维护古都风貌”的手段是“以假乱真”。在1991年，张开济曾经在致北京市长陈希同的一封信中就已提到了这种风气的负面影响。
“……陈希同曾经提出要维护古都风貌，夺回古都风貌，提法没错，做法错了。因为他的重点不是保护古建筑，而是在新建筑上大搞复古主义，盖小亭子，作用是以假乱真、喧宾夺主。我很早就提出，不能这么搞。北京西站要搞小亭子，我给他写信，向他提出忠告：“‘小亭子’用得太多了，就会造成新的千篇一律，令人望而生厌”。但结果还是搞了个登峰造极的小亭子，花了八千万。这么大的价钱，没有盖个先进的火车站，反而盖了一个落后的火车站。”——张开济（2004） ，《张开济访谈录》
“我想用几句话概括，‘认真保护古风貌，精心设计新建筑，坚决不搞假古董’。北京西客站那样的设计，和现代的设计思想是背道而驰的。一个交通设施以什么为设计思想呢？那就是高效率。火车停在站台上，旅客能以最短的距离、最少的时间、最快的速度上车，这是一个火车站设计的原则。”——张开济（2004） ，《文化自白书》
前北京市建筑设计研究院高级建筑师朱嘉禄，于1990年代初曾担当北京西站建设工程总设计师，于2009年接受媒体采访时坦言，北京西站的外观设计曾受到了一定的领导喜好影响。
“民族形式是领导最初就提出的要求之一。开始我们只是在站房两端放了两个钟楼，但有关领导不同意，于是我们又改成稍微小些的亭子，还是不行，最后的结果就成了这个高达30米的大屋顶。”——朱嘉禄（2009）
另一方面，也有部分市民质疑北京西站的“中空”设计，认为这造成了一定的空间浪费，而实际上这是配合地铁预埋工程、利用建筑结构的一个手段。由于设计时考虑到北京地铁9号线将从车站的中轴线通过，并在北京西站下方设站。为了防止地面的沉降，因此车站高层建筑均分别在地铁线两侧，形成中央空档。为了改善中央空档的视觉效果，故借鉴中国传统城门楼的设计， 设计成一个宽45米、高50米的“门洞”。 自北京西站开通运营以来，其质量问题一直为人诟病，暴露的问题林林总总。由于当时北京西站曾号称亚洲最大的铁路客运站，因此北京民众也曾讽刺北京西站为“亚洲最大的豆腐渣工程”。
早在北京西站开通运营的前一天晚上，停靠在站台准备剪彩仪式的第一趟列车，因上水胶管漏水，导致道床下沉，施工人员不得不连夜进行加固道床工程，确保第二天顺利通车。1997年7月28日下午，北京西站地区遭受大风袭击，强旋风导致玻璃顶棚局部损坏，170多块玻璃随风飘落，砸坏平台上的8辆汽车，幸未伤及途人。类似的情况于1998年8月12日再次发生，但由于经受上次经验以后玻璃顶棚获得加固，故这次破损较为轻微，仅有未经改造部分有8块玻璃破损。此外，其他问题包括装饰天花板大块撕裂下坠、售票大厅吊灯下坠、地板拱起等。
其中最严重的问题是漏水。由于屋顶渗漏，墙面剥落、地面积水、渗水痕迹随处可见，1997年、1998年的情况最为严重，大雨过后微机房积水近膝；托运处地下仓库2000多平方米的行李房被迫改为存车库，连接行包仓库长达500米的地下通道积水半米，如同人工河；候车室及进站通道房顶多处漏水，需要塑料桶盛载漏水。
造成北京西站质量问题的原因，主要包括施工期短、资金不足，造成车站虽然已经启用但工程实际尚未完成的情况，在根本没有竣工验收的情况下就交付使用。北京西站工程建设总指挥部总工程师杨嗣信曾表示，北京西站是一个“三边”工程，自1993年1月动工，车站长期处于“边设计、边施工、边运营”的状态；而且施工期十分紧张，由于铁道部于1995年10月要求北京西站在1996年春运前投入使用，因此总工期又比合理工期提前超过一年，导致大面积的室内装修、防水工程、水电系统、暖气空调等均需要在不到四个月的时间内完成安装和试验，同时这段期间处于低温和严冬阶段，部分工序如防水试验被迫略过，在不宜施工的季节赶工，结果是车站开通时仍然有许多未完成的工程等待收尾。此外，北京西站的工程款项拖欠惊人，施工期间各厂商、材料供应商不断向施工总包单位索债，至车站开通使用之时站仍拖欠各施工单位的工程款达3亿多元人民币，甚至到开通三年之后拖欠款项仍有2亿多元人民币，并有厂商为欠款向法院起诉，资金问题导致车站的完善、收尾和竣工验收等工作无法如常进行。于1996年投入使用的北京西站，至1999年12月才由铁路部、北京铁路局和北京市政府等有关部门及北京西站工程建设总指挥部等单位进行初验。2001年8月7日，铁道部和北京市政府联合向国家计委提交了申请北京西站工程国家验收的报告。同年12月，北京西站工程国家验收委员会对北京西站铁路及城市配套工程进行了正式验收，其设计、施工质量总评为合格。 按照当时规划，北京西站是作为一个集火车站、地铁站、公共交通、邮电枢纽、商业服务、金融为一体的现代化特大型综合性立体交通枢纽、多功能综合中心，北京地铁7号线和9号线将在北京西站底下穿过并设站。按照原规划设计，北京西站这座“特大型综合性立体交通枢纽”的分流畅通取决于地面及地下配套，旅客分别通过地铁和南、北广场出站，其中地铁分流40%至50%，南北广场各分担约25%至30%的人流。但北京西客站开通运营十几年后，北京地铁7号线和9号线还没有完成，地铁北京西站建筑结构完工后空置了十几年，南广场出站系统没有启用，从而导致北京西站地区多年来一直面带严峻的交通问题，北广场负荷过重。对旅客来说更是面对“进站难，出站难，接人难，停车难”的“四难”。
2005年初，一批北京市社科院专家启动了对北京西站的交通问题的调研。历时一年完成的研究报告指出，西客站周边公交运量的增加速度，远不及铁路运量增速 。由1996年至2004年，北京西站铁路年旅客运输量从1742万增加到4906万，增长了182%，而同期的公交运量从1420万增加到2539万，增加了78.8%；而南、北广场的公交运力分布又严重悬殊，西站北广场有50多条公交线路，而南广场仅4条始发线路。 以商养站
《社科院报告》显示，除了地铁之外，原规划之中未建成的工程还包括南广场及其配套设施、主站房东南区域的道路及市政管线，南站房及附属用房的永久电力开闭站，供北广场和地下自行车道等区域照明的永久配电室等均未建成，机动车停车设施严重不足。 出站系统方面，原设计的29部电梯只安装了14部。
北京西站大量后续工程无法完成，主要原因的维护资金严重短缺。1996年前后，北京西站的投资方铁道部与北京市政府就资产进行交割、划分，双方形成约定，“凡是凭票进入的（区域）归属铁道部，不凭票的则归属北京市”，于是西站的进站系统，即高架候车厅部分，归属铁道部；而出站系统（包括车站广场、交通配套等），主要是地下一、二层，归属北京市政府。对于出站系统的运营维护，北京市政府确定“以商养站”模式，建议经营性资产通过租赁、承包等方式收取租金和承包金；公益性资产通过物业管理的方式收取物业费和折旧费，然后用这些资金维护、更新和改造出站系统的设施设备。在这种背景下，北京市成立恒兴集团，隶属北京市住房和城乡建设委员会（市建委），承担出站系统三大任务：保证旅客安全顺畅出站、卫生清洁和硬件维护保养。
但事实表明，“以商养站”模式的效果极差。维持出站系统的营运费用远高于经营性资产所带来的收入，十年来恒兴集团共欠债6000万元人民币以上。在资金困境之下，为了节省成本，连带北京西站的运营质量也受到影响。例如在2004年以前，西客站出站大厅常年开灯正常每年需花费900万元人民币，但实际必须控制在400万，关灯节电造成照明不足，而电梯也有限度开通使用。地下中层一个1万多平米的停车场，因通排风故障，恒兴集团无力整修，10年来从未投入使用。
此外，为了通过商业承包改善营运状况，恒兴集团在出站大厅先后开办了京龙、恒兴两个大市场，占地1.2万平方米，占了地下大厅2万多平方米总面积的60%。京龙批发市场面积9700平方米，有622个摊位；恒兴市场共有36个摊位，占地面积约2300平方米。这些摊位租予商户经营服装鞋帽、日用百货、二手电器等 。此举也进一步加剧了出站不畅顺。
以国养站
2005年年初，时任北京市副市长吉林主持西客站出站系统改造会议，决定废止“以商养站”模式，改以国家财政投资西客站的维护，这种设想被称为“以国养站”。
面对车站本身由建设期间遗留的质量问题，以及开通运营后大量未完成的“收尾”工程项目，对以往“以商养站”模式的非常严峻的挑战，设备损坏除了无法充分满足旅客需求、导致怨声载道外，也带来了安全隐患的诟病。早于2004年2月2日，北京市政府办公厅下发了《北京市2004年在直接关系群众生活方面拟办的重要实事》，将“整治西站环境”列入“2004年市政府56件实事”，要求消除隐患，以改善西站地区的环境和社会秩序 。当时北京西站已经开通运营8年，车站出站系统的硬件设施本身不符合原设计标准，加上没有及时维修、更换，导致大量设备老化、损坏严重。1.5万具照明灯具中只有约5000具能正常发光；1.8万平方米的地面部分损坏；3.5万平方米的地下吊顶天花板严重渗漏；5000余个消防洒水器中有80%不能操作。
2004年，北京市政府投入7000万元人民币对车站设备、消防设施等10项硬件配套进行大规模整改，这是政府资金首次直接投入到北京西站的维护。其中对车站出站系统的地面、吊顶、照明设施进行维修和更换就花费了700万元，此外又对1100米长的消防排烟管道、120个防火卷帘门、2200余个自动报警装置、5000余个消防喷淋器及80余个防火栓进行全面改造更新。而西站地下二层的京龙、恒兴两大市场亦全部拆除，地下大厅恢复原设计的疏散功能，政府为此出资1500万元人民币，主要用于给市场投资方和商户作为违约赔偿金。工程同时将两座过街天桥联通引入西站主楼，旅客进出站可直接走过街天桥；在中央大厅安装电子显示屏显示从西站出发的公交车首、末班时间和线路；修复北广场地下非机动车道照明系统和路面、墙面；将北广场公交停车场和社会停车场北侧绿地压缩，拓展人行步道1000平方米；按照国际标准重新规划安装出站系统的引导标志；完善地区电视监控网络等 。整个北京西站出站系统改造工程于2004年12月完成。
此后，北京西站地区公共资产的维护工作，开始纳入北京市政府的财政预算中，至2005年初市政府正式明确了“以国养站”的模式。出站系统的管理责任从2005年初起落户北京西站地区管理委员会（管委会），并确定西站出站系统的非经营性国有资产划给管委会；恒兴集团也分离出西站管理中心，成为独立法人，专门出站系统维护。然而由于积弊之深，“以国养站”又面对着资金来源和划拨成的新问题。
按照规定，管理经费纳入管委会部门预算，北京市财政局只能以管委会借款方式，每年拨款1100万元左右，用于北京西站出站系统的水电、空调暖气和硬件托管、保安保洁等费用。但北京西站仍然有许多经营性资产，例如来自停车场和地下一层、二层的商业部分年收入就达到700万元。出站系统当初未进行资产核算，无法确定资产总额，没有完全剥离经营性资产和非经营性资产，导致政府拨款计算的困难 。2005年，管委会联同北京市财政局、市建委对出站系统管理模式进行了为期4个月的调研工作，并于同年9月份向市政府提交了《关于加强北京西站出站系统管理工作的报告》，经市政府研究，确定对西站出站系统实行合约管理、所需经费由市财政保障的管理模式 。同时，征求北京市国资委的意见后，确立北京西站出站系统的定位是社会公共服务场所，其国有资产是非经营性的国有资产。从2005年底开始，北京市审计局开始对北京西站出站系统经营进行历时半年的审计。
后续工程
2005年初，管委会邀请30余名专家对西站问题进行专项研究，立项为“北京西站南北广场及地下空间综合规划研究课题”，寻求缓解北广场压力的技术方案，以保证铁路旅客安全进出。在最后形成的报告中，在8个专题中有5个为“如何利用西站的空间”，分别为交通系统调整与改造方案、空间利用规划初步方案，以及环境景观、视觉导向和临时性设施方案，并提出了北广场东公交站西移、启用地下中车库等整改方案。
西站地区管委会亦认为，疏通北京西站的根本，是启动拖延十年的南广场和地铁建设。北京西站拥有南、北两个站前广场，设计时对客流量的分布估计是南、北广场各占30%，地铁分流40%，而且当时将南广场设计为主广场，很多主题建筑都设计在了南边。但由于南广场自西站开通运营以来一直未开通，导致绝大部分的客流均通过北广场集散，但由于北广场交通设施的供需失衡以及客流交通组织不尽合理，已导致北广场明显不堪重负，交通秩序混乱，交通状况恶化。同时因当初规划和设计上的失误，南、北方向的车辆无法直接通行，而且公交车站与南广场没有紧密衔接，造成一直以来南广场与北广场发展非常不均衡。乘客、行人如想穿行南北，必须徒步经过约500米长的西站地下广场，十分不便。而南广场周边道路如广莲路、马连道路、站前东街、北京西站南路等4条道路建设基本处于停滞状态，受到拆迁问题的制约，路网长期不通。
2010年8月，北京市政府人民建议征集办把西站南广场确定为重点调研课题，汇集多方意见后再次向市领导提交了“加快西站南广场建设”的报告。 报告得到了郭金龙市长等市领导的重视，批示由北京市重大项目建设指挥部办公室（重大办）牵头落实。重大办先后组织市发改委、市规划委、市交通委、市住建委、市财政局、市交管局、北京铁路局、西站管委会、丰台区政府、西城区政府、中国中铁置业集团公司、公交集团、公联公司、轨道建管公司等15个单位分别召开了4次协调会议和现场会议，针对南广场改造工程的前期工作、施工组织、拆迁工作、交通导改、地铁配套等问题进行了研究。
拖延了10多年的北京西站南广场改造工程于2010年11月10日正式启动。改造包括西客站南路、马连道路、广莲路、南广场规划1号路、人行天桥、地下通道、出租车场站、南广场桥面铺装和地下商业结构加固工程 。工程完成后，南广场将分流西站部分旅客，从而缓解西站北广场的交通压力 。2012年9月22日，完成改造的北京西站南广场正式启用，而位于南广场西北侧的出租车调度站也开始营运。
北京地铁2号线为什么没有台基厂站
因为台基厂位于北京站与崇文门站之间，距离两站之间太近而且附近不适宜设置车站。