深圳市地铁有限公司成立于1998年7月，为深圳市国有资产管理委员会授权经营的国有独资大型企业，是承担深圳市城市轨道交通投融资、建设、运营以及国有资产保值增值的独立法人实体，目前正承担着深圳地铁一期工程的建设。
深圳地铁一期工程是深圳市建市以来投资最大的国家重点工程，也是备受社会各界关注的民心工程。工程于1998年5月获国务院批准立项，1999年10月工程初步设计通过评审。地铁一期工程由1号线东段和4号线南段组成，1号线东段以与香港相连的罗湖口岸为起点，经繁华的市中心国贸、老街、大剧院、科学馆、华强路、岗厦、会展中心、购物公园、香蜜湖、车公庙、竹子林、侨城东、华侨城到世界之窗；4号线南段以皇岗口岸为起点，经福民站、会展中心、市民中心到少年宫。线路全长21.8公里，共设20个车站，总投资115.53亿元。在市委、市政府和市地铁工程建设指挥部的领导下，在所有地铁建设者的共同努力下，一期工程于2001年3月全线动工，2004年12月28日建成通车。
深圳市地铁有限公司运营分公司（以下简称运营分公司）是深圳市地铁有限公司的下属分公司，成立于2003年1月。下设车务部、维修工程部、综合部、人力资源部、企划部、财务部（公司派驻）、安全技术部和物资部八个部门，车辆管理中心、AFC管理中心和自动化监控中心三个中心，目前共有员工1345人。
运营分公司代表地铁公司全面负责地铁的运营管理、客运服务、列车运行组织及土建设施、车辆和运营系统设备的维修保养等工作，是直接服务于社会大众，展现深圳地铁形象和服务水平，也是深圳地铁和乘客直接交流的一个重要窗口。
2004年12月28日，深圳实现了地铁一期工程“如期、安全、顺利、高水平、高质量开通”的目标，运营分公司开通第一列运营车辆，以崭新的风貌迎接乘客，服务大众。
2005年4月28日、6月28、9月28日、12月28日运营分公司以最快速实现深圳地铁的四次“提速”，一号线运营间隔由开通初期的15分钟压缩为高峰期5分钟，地铁运输能力较开通初期提高了120％，运营水平有了显著提高。
截至2006年10月8日，深圳地铁已实现安全、优质、高效运营650天，用自己的实际行动向市委、市政府和广大市民交了一份满意的答卷，运营人将一如既往的继续为广大乘客提供“地道服务、贴心一路”的真挚服务。
深圳地铁标语“爸爸长大以后我想嫁给你”有多坏怎么就被网友骂成狗了
这个标语涉嫌将父女之间的情感暧昧化，这是让大众所不齿的。虽然回该标语的最初含义也许是答为了表达父女之间的感情，但是一个“嫁”字就让这个标语变了味。就像是“女儿是父亲上辈子的情人”一样，将伟大的父爱类比成暧昧的情感，让人感到尴尬与不适。