疑问一：土质惹祸？
中铁集团一位不愿具名的负责人透露，地铁建设时导致路面塌陷的原因有很多。有可能是前期地质勘查工作没做好，也有可能在施工过程中遇到丰富的地下水，导致坍塌。但导致这次杭州地铁施工工地塌陷的具体事故原因还不清楚。
上海隧道工程股份有限公司总工程师杨国祥则表示，杭州的地质较为复杂，其地下水含量比上海要丰富，绝大多数土层皆为软土，地铁基坑开挖、地铁盾构推进等工程作业“如同在蛋糕里打洞，施工风险极大”。
疑问二：线路之变？
2004 年3月，几经论证修改的《杭州市轨道交通线网规划(优化)》提交最终报告，一号线江南终点站由城厢街道变更为远离萧山老城区的湘湖区块，该区域仅有宋城、万科等集团开发在建的高档别墅区。方案一经公布就曾广遭质疑。
据了解，目前萧山总人口117万(非农人口约30万)，而杭州地铁一号线所在的滨江区总人口仅为10.8万。
杭州市规划局一位官员则表示：“老城区线跟人走，新城区人跟线走，这并无不妥。”并称整个规划论证过程极为严格。
杭州地铁集团董事长秘书李崇旦也表示，在国家批准的文本中，对于专家论证后的地铁线路基本没有修改。杭州市发展规划研究院副总经济师符文伟称，地铁一号线在地质勘探及站点选址方面不存在任何问题。
曾参加过杭州地铁一号线初期的征求意见稿的浙江大学区域与城市规划系教授周复多表示，杭州地铁存在边规划、边建设、边修改的“三边”现象。
疑问三：赶工期疑有融资压力？
据了解，在杭州轨道交通的所有宣传文字中，包括一号线和二号线在内的两段杭州地铁都宣布将于2010年建成。然而，一号线的工期比发改委的批复提前了1年，而二号线的工期则整整提前了2年。
赶工期的背后存在什么问题？有说法指向融资成本压力。
另有报道称中铁建、中铁工最近这几年承揽的工程比较多，施工线拉得比较长，这两年这两家中央企业发生事故是比较多的。
疑问四：瞒报隐患？
一个多月前，杭州地铁坍塌事故发生地的地面就已经出现裂缝。中铁隧道局技术顾问吴明冈表示，当时监测的数据表明一切都在可控范围之内，而且也对基坑内进行了加固，这个事故是突发事件，超出了数据的范围。
中铁方面称事故发生前已将隐患问题报告给杭州有关部门等待批示。但是，在场的杭州市长和浙江省副省长都表示从来没有接到过这样的申请或者批示。
疑问五：中标企业弄虚作假？
今年1月31日。在浙江省对杭州地铁一号线工程的人防防护设备的供货及安装进行公开招标中，浙江诸暨中兴人防设备有限公司在两个标段中被评为第一名。然而，此公司至今从未有已完成人防工程的业绩和生产安装大型钢结构双扇人防防护门的经历，更无从谈论有任何地铁施工业绩和地铁人防防护设备的生产、安装经验。
杭州地铁一号线的工程是杭州市历史上最大的一个基建工程，投资有220个亿左右。有媒体人士分析说：“这么大的蛋糕，谁都想咬上一口，出现这样那样的问题，并不值得奇怪。”