2010年3月12日，南京地铁公司发布南京地铁12号线工程可行性研究报告编制及设计总体-总包管理招标项目资格预审公告，12号线前期准备工作启动。
2011年10月27日，南京地铁12号线更名宁和城际一期工程（即地铁S3号线一期工程），环境影响评价第一次公示
2012年12月27日，地铁S3号线一期工程试验段搅拌桩施工，工程进入正式实施阶段。
2014年12月31日，南京市交通运输局发布了南京地铁S3号线一期工程19个车站命名方案，面向社会公开征求意见，以便进一步修改完善。新命名的19个车站站名为：南京南站、景明佳园站、铁心桥站、春江路站、贾西站、油坊桥站、永初路站、平良大街站、吴侯街站、高庙路站、天保站、刘村站、马骡圩站、兰花塘站、双垅站、石碛河站、桥林新城站、林山站、高家冲站。
2015年1月1日，施工分为三个段的地铁S3号线河西试验段4站4区间主体施工已经基本完成，近期就能实现贯通；而“江南段”从中和街站到南京南站站，去年9月开工，目前正在进行维护结构施工，预计2016年完成；“江北段”起于天保路站，搭载京沪高铁大胜关长江大桥过江，地铁在高铁桥的两侧，大约与高铁桥间距2米的位置左右各设有一股轨道，终点在浦口黄里，近期将开工建设。
2015年1月14日，地铁S3号线一期河西段实现贯通，包括中和街站～黄河路站～天河路站～新梗街站（暂定站名）～2号盾构井，即四站四区间实现全区段贯通。盾构掘进过程，施工克服了穿越友谊河、秦淮新河，遇到了复杂地层等工程难点和风险点。
2015年1月23日，南京市交通运输局批复南京地铁S3号线一期地铁站站名。
2015年3月16日，地铁S3号线一期江北段TA09标跨高旺河现浇梁的南岸主墩完成浇筑，北岸主墩预计本月底可完成浇筑，为6月完成全部高旺河现浇梁、实现安全度汛奠定了基础。
2015年3月底，地铁S3号线的8条盾构隧道已贯通，江南段的4座地铁车站的主体结构施工也已完成。
2015年4月24日，地铁S3号线TA09标完成首跨现浇箱梁混凝土浇筑施工，这是地铁S3号线江北段完成的首跨现浇箱梁，标志着江北段上部结构施工正式开始。
2015年4月30日，地铁S3号线中间风井实现封顶，标志着地铁S3号线城南段关键线路上的关键节点取得了突破性的进展。
2015年5月6日，地铁S3号线江北段浇筑首跨箱梁，中国中铁四局地铁S3号线12标段成功浇筑首跨简支箱梁，正式开始了大规模现浇简支箱梁。
2015年7月27日上午8时，地铁S3号线TA03标铁春区间左线盾构顺利始发，地铁S3号线城南段盾构施工正式开工，所有12台盾构将在年内全部始发。
2015年7月28日9时28分，中铁一局城轨公司承建的南京地铁S3号线一期工程TA07标项目部，首台盾构机在油坊桥-永初路站区间工地顺利始发。
2015年8月28日9点28分，继7月油～永盾构区间首次始发一个月后，地铁S3号线七标贾～油区间盾构再次始发。
2015年10月28日，在经过为期一年的紧张施工后，随着最后一块顶板浇筑完成，地铁S3号线华新路站成功封顶。
2015年10月31日，地铁S3号线TA03标春江路站实现车站主体结构封顶。
2015年11月16日，地铁S3号线TA12标段黄里车站桥上，现浇连续梁混凝土现浇完成。此次完成现浇的连续梁位于黄里车站往大里程方向接壤，由一联四跨每跨四格组成，长144米，宽18.8米，需现浇混凝土2600方，是地铁S3号线一期工程全线最大的连续梁。
2015年11月30日，地铁S3号线一期工程华新路—油坊桥区间左线盾构顺利始发，标志着地铁S3号线城南段12条盾构区间施工全面展开。华—油区间左线总长1327.364米，是宁和城际单线最长区间，也是环境风险点最多的区间，先后下穿华新路、龙西路、宁芜铁路、205国道、南河和地铁2号线折返线，并多次侧穿、下穿多层或高层住宅楼。
2015年12月15日，地铁S3号线一期土建工程NH-TA12标完成两站两区间（含林东站至经六路站区间、经六路站、经六路站至黄里站区间、黄里站，全长3.7公里）土建主体结构施工，比原计划提前46天完成目标任务。除此之外，江北其余标段也将于近期完成土建主体结构施工。
2015年12月18日，地铁S3号线一期系统安装工程正式开工。此次弱电工程开工，标志着地铁S3号线一期工程安装正式进入施工阶段。
2016年1月6日，地铁S3号线一期中间风井至控制中心618米长单洞单线矿山法隧道右线顺利贯通，同时南京南站至控制中心单洞双线二衬混凝土也于今日开始浇筑。
2016年3月10日，地铁S3号线一期江北段自首站朱石路站至终点站黄里车站连续梁主体结构已经贯通，桥林车辆段目前正在进行综合楼等单体工程的主体结构施工，预计2016年5月底基本施工完成。
2016年3月18日，城轨公司地铁S3号线一期TA07标油-中区间左线顺利贯通，至此宁和城际TA07标已平稳顺利完成油中区间双线接收节点。
2016年4月8日，地铁S3号线一期工程桥林车辆段正式开始测量。