南京站检票口有两个。
一个南站房检票口，多数普速列车从这里进站比较近，一个北站房检票口，多数高铁列车从这里进站比较近。不过放心，一趟列车两个进站口都是同时进站的，只是截止时间不同。
南京火车站进站检票流程，南京火车站进站口在2楼，从公交车站、地铁站出来就会看到售票厅前的电梯，顺着上去。实名验票、 安检过后，就是大厅，大厅两侧有电梯（有显示屏显示候车室及候车车次 ）找到对应的检票口，列车进站前15分钟会进行广播通知，最后排队检票上车。
(3)南京地铁S1号线有几个安检口扩展阅读：
南京各站房楼层位置分布：
南京站是一个“桥建合一”的站房，买票、候车、出站、上车都在一个立面上，但不在一个层面上。站房共分五层，地上三层，地下两层。
地下二层为地铁站台层，地铁1号线、3号线南北贯通同台换乘，地铁S1号线、S3号线东西贯通同台换乘。
地下一层为站房设备、地铁站厅、商业开发层及市政配套车库。
地面一层集散层，出站及综合交通方式换乘区域都在这层，四角分别设有配楼，包括出租车场站、公交场站、南京汽车客运南站、铁路售票处等，广场东西两侧有出租车停车泊位730个，社会车停车泊位2348个。
地上二层为站台层，28条铁轨从此层通过，为旅客的到发区域，同时设置有北进站广厅、贵宾区，也包括1个铁路售票处。
地上三层为候车层及送站平台，并设有客服商业夹层，共有56个检票口、100多个的自动检票机，大厅四个角落各配了1个售票处。