截至2019年6月24日，杭州地铁5号线起于良睦路站，途径余杭区、西湖区和拱墅区，止于善贤站，共设座车站 。
1、良睦路站
位于余杭塘路与良睦路交叉口，沿余杭塘路东西向布置。是地下二层岛式站。
2、杭师大仓前站
位于余杭塘路与高教路交叉口，沿余杭塘路东西向布置，临近杭师大仓前校区。站点周边为杭师大仓前校区、阿里巴巴西溪园区，浙能海创园等。
3、永福站
位于海曙路与常二路交叉路口，沿海曙路东西向布置，西北象限为杭师大校园地块，东北象限为富力在建商住地块，西南象限为万科星空商住体，东南象限为规划教育用地。
4、五常北站
位于海曙路与创意路“T”型交叉口以东，沿海曙路东西布置。车站北侧为五常车辆段和商住混合用地，南侧为公园。
5、蒋村站
位于花蒋路和余杭塘路交叉口西侧，横跨蒋村四号路。
6、浙大紫金港站
位于余杭塘路和崇仁路交叉口，在浙大紫金港校区西区附近。
7、三坝站
位于杭州市西湖区三墩镇三坝村萍水路与古墩路交叉口处，为2号线和5号线的换乘站。
8、萍水街站
位于萍水街和塘萍路的交叉口，设4个出入口。
9、和睦站
位于位于萍水街与莫干山路交叉口，和睦社区辖区内，沿萍水街东西向布置。是5号线与10号线（在建）换乘站。
10、大运河站
位于桥弄街与通益路交叉口，沿桥弄街东西向布置，东临大运河。
11、拱宸桥东站
位于衢州街与上塘路交叉口，沿衢州街东西向布置，西临拱宸桥。站点周边有杭州市树人小学、杭州拱墅区职业高级中学、登云路农贸市场、运河文化广场等。
12、善贤站
位于沈半路舟山东路交叉口以南，是杭州地铁3号线和5号线的换乘车站，3号线将于2021年年底开通。此车站东北侧为善贤人家住宅区，西北侧为树人大学、省妇保宿舍等。