2011年5月4日晚上9点半，网友“无锡90后”在当地论坛上发了《无锡地铁2号线因环境违法被勒令停工》一帖。称：无锡市城市快速轨道2号线建设工程因环境违法，被环境保护部勒令停止建设。2号线工程在重新报批的环境影响评价文件经环境保护部批准前，不得擅自恢复建设。如果逾期未改正，环境保护部将依法申请法院强制执行。
2008年7月，环境保护部对2号线工程进行了环评批复。2010年4月，该工程发生了部分变更。2010年8月，无锡市轨道交通发展有限公司虽然委托有关部门编制了环境影响评价补充报告，但重新报批的环境影响评价文件未经批准，无锡市轨道交通发展有限公司即于2010年6月擅自开工建设部分变更内容。环境保护部认为无锡市轨道交通发展有限公司的行为违反了中国环评法第24条的规定。依据环评法第31条规定，环境保护部决定责令2号线工程停止建设。“在重新报批的环境影响评价文件经我部批准前，不得擅自恢复建设。”环境保护部表示该部将同时委托其下属的华东环境保护督察中心对无锡市轨道交通发展有限公司改正违法行为的情况实施环境行政执法后督察。环境保护部要求，无锡市轨道交通发展有限公司在5月30日前将改正情况书面报告该部。“如果无锡市轨道交通发展有限公司逾期未改正，环境保护部将依法申请法院强制执行。” 无锡地铁2号线东林广场站的施工工地仍在施工，称没有接到停工通知是不会停工，工地被围挡成一圈，所有机器和施工人员都在工地内忙碌。
位于市区的地铁2号线五爱广场站和梁溪大桥站，五爱广场站土建工程在紧张进行，一台挖土机正在将地下挖出的土方运送到卡车上。同样，梁溪大桥站内，大型机械设备林立，十多名工人同时在工地上忙碌。这里的施工者也同样否认听到停工的说法。 2011年5月5日下午5点23分，无锡市轨道公司就“地铁2号线被勒令停工一事”介绍，无锡地铁2号线环评报告早在2008年7月就已经获得国家环保部批复，设计方案也严格落实了环评的批复意见。已经在实施的地铁2号线基本与2008年批复的环评报告相一致，变更部分主要是在京沪高铁核心区东安路的地铁铺设方式，原方案采用了高架铺设，而更改后的施工方案是将高架调整为地下铺设。“地铁2号线的市区段基本都是地下铺设，而2号线路在进入锡山区后，几个站点采取高架铺设，以高架的形式穿越城市，锡山区政府当时提出了一些建议”，无锡市轨道办副主任张军表示在报国家发改委批复前，锡山区找到了他们，希望调整规划，将涉及到该区的三个站点调整到地下。张军表示，当时锡山区政府也是考虑到了地铁高架的铺设对周边道路会产生分割，如果高架铺设，高铁核心区的主干道东安路在高架下，交通将会受到影响。同时也会带来更多的拆迁量。改为从地下走，设置地下站点，成本反而增加了，这一方案的变更，轨道公司在建造成本上增加了一个亿。但是，地铁线路从地下走，不仅对地面交通的影响降低到了最小，同时还降低了噪音。张军表示，方案改动还使得2号线上多了一个九里河站站点，站点得到了加密。同时，也避免对地面道路产生分割，从视觉上也更为美观，地铁运行的噪音也大大降低。既有利于该区域的发展，也减小了对沿线地区的环境影响。张军表示，从地下走的方案，使得东安路恰好位于地铁2号线上方，对主干道东安路影响降低到了最小。2号线方案的这一调整最终也获得了国家发改委的批复，原本位于东安路上方架设的地铁高架最终顺利改成了地下铺设。无锡市轨道办副主任张军介绍，京沪高铁无锡东站是南北走向，而地铁按照方案设计是下穿高铁的下方，按照东西走向，两条线路呈十字垂直交叉。“由于京沪高铁将于2011年6月提前开通，当时考虑必须抢在其动工前，将地铁的轨道预埋进去，并且留好站点。一旦京沪高铁站建成后，再想在其下方穿越，那几乎是不可能的。张军表示，当时轨道公司也是处在两难的境地，一边是抢在京沪高铁前将地铁站点预设在地下，一边要等待环保部的批复。旅客从京沪高铁站出站，只要搭乘电梯，就可到达负一层的地铁站台，真正实现了零换乘。 这一方案的更改，其实是京沪高铁建设的一个亮点。无锡市轨道公司表示，针对锡东新城变更段的环评报告已编制完毕，于2011年年初通过了环保部所委托的专家组的评估，修编完成的环评报告现已上报，正待批复。在没有批复前，依法不应动工开建。