杭州地铁5号线工程线路全长53.4公里，全为地下线，设车站38座，其中换乘站15座，设5号线车辆基地内容1座(仓前车辆基地)、停车场1座（萧山停车场），控制中心共享地铁1号线建华控制中心。主变电站除利用1号线火车东站主变外，新建主变电站2座（三坝村站、江南大道站附近）。
西起老余杭，经仓前街道（余杭区）、三墩街道、浙大紫金港、申花（西湖区）、桥西、拱宸桥街道（拱墅区）、运河商贸中心、石桥街道、东新街道、和平广场（下城区）、艮山门、经建国路至城站火车站枢纽，再沿江城路转望江门（上城区）、雄镇楼、至飞云江路口，经隧道过江，至滨江区江南大道，沿长河路至长河街道（滨江区），再转向滨康路、新汽车南站，沿金城路、人民广场（萧山区），至杭州火车南站枢纽，往东至新街镇