2018年12月26日将实现地铁线网174个车站每站“两进两出”闸机通道投用，目前支持银联闪付和支付宝二维码两种支付方式。银联闪付刷手机进站 支付宝“扫码”进站：银联闪付用户持“62”开头的银联IC卡直接刷卡过闸乘车，也可通过绑定银联卡的Huawei Pay、Apple Pay、Mi Pay、Samsung Pay银联手机闪付方式刷手机过闸乘车，乘客无须打开任何应用，在传统刷卡区“轻轻一挥”即可快速过闸。使用支付宝的乘客，在手机上点击“支付宝APP-付钱-乘车码-南京地铁电子卡”，注册并成功领取“南京地铁电子卡”后，将“南京地铁电子卡”二维码对准闸机橙黄色部分的“扫码区”，听到提示音后，闸机开门即可进站，出站操作类似。
南京南站等13个大客流车站所有通道均可刷手机
12月底地铁移动支付开通每站两个进站通道和两个出站通道，但记者在部分地铁车站发现，所有的闸机通道都已经改造完毕，车站工作人员告诉记者，在此轮改造中，对地铁线网中南京南站、南京站等客流较多的13个车站，已经加班加点把全部通道基本提前改造到位，避免出现客流大站移动支付通道“两进两出”难以满足乘客需要的情况。据介绍，南京地铁是江苏省内首个同步实现刷银联（闪付）、支付宝（二维码）乘地铁的城市。下一步，地铁公司力争在2019年上半年，把所有闸机通道改造完毕；同时，系统还预留了后续接入其他移动支付机构的通道。
提醒：目前，两种支付方式无优惠
目前，使用移动支付乘坐地铁无优惠，后续将适时开展优惠活动。移动支付过闸请在改造后的闸机（中部为橙黄色）上使用。银联卡须同时满足以下三个条件：“Quick Passs”闪付标志+62开头+开通小额免密支付（大多数银行默认开通），在传统刷卡区刷卡。使用支付宝在闸机橙黄色区域扫码。地铁工作人员提醒乘客：在地铁移动支付开通初期，如乘客在使用中遇到问题，请及时向车站工作人员或志愿者告知，会第一时间处理好。