在第四节车厢下面，一段长达多米的地基，也就是道床，明显拱起，将铁轨高高抬起，导致两节车厢发生大幅度落差，发生故障而停车。
其他车厢下方，正常地基与轨道两侧通道一样高，但出事的地基明显高出两侧通道，其中，拱起最高处近20厘米，刚好位于第四节车厢下方，靠近连接处。其中，南侧拱起的幅度稍微超过北侧。拱起的路基上，出现几处裂缝，最宽的有近1厘米。铁轨下方的混凝土和通道本应是一体的，但此时出现了裂缝，宽1厘米左右。
在路基和两侧隧道壁衔接处，正常情况下也是严密结合在一起的，但由于路基拱起，衔接处出现了巨大裂缝，可以伸进手臂。发现下面不到20厘米处全是水。抬头望去，一条裂缝从隧道顶部向两旁一直延伸到路基，不停地渗水。靠近南侧尤为严重，隧道壁内的灰色建材都被冲了出来。在第四节车厢靠近东部，铁轨下有一个“泉眼”，水从混凝土地缝里哗哗淌出，汇聚成小溪，往东流去。
究竟是什么原因会导致如此意外，南京市地铁公司总经理助理陈志宁昨天查看了现场后表示，主要是地下水渗进惹的祸。 地铁方面表示，经现场查看，轨道异常处出现在下马坊站往新街口方向约200米处。该区间为矿山法施工，隧道深埋40余米，地质结构为岩层富含裂隙。最近南京地区多雨，特别是21日晚间的暴雨，导致地下水位递增，引起混凝土道床上浮约10厘米，涉及范围20余米。初步分析观察，隧道初支二衬承力结构无损坏，现正在积极研究抢修方案，相关人员、设备及材料已组织到场。
陈志宁解释：“道床本身和二衬是没有相连的，轨道是混凝土结构来支撑的，水压下混凝土结构拱起，道床上浮。”
地铁方面表示，当初二号线在建设过程中，地质就相当复杂，中山门以东是紫金山岗地，按道理全是风化岩层，施工也全采用的爆破施工，但土质分布不均匀，它的地形特点就是孔隙大，压缩变形大，特别灵敏。很容易引起周边环境变化，地下水极为丰富，这对施工是很不利的，没想到运营又出现渗水道床上浮事故。