全线设27座车站，分别为东风公司站、车城东路站、江城大道站、老关村站、国博中心站、海洋乐园站、前进村站、建港路站、马鹦路站、钟家村站、琴台站、武胜路站、汉正街站、六渡桥站、江汉路站、大智路站、苗栗路站、香港路站、三眼桥北路站、唐家墩站、石桥路站、杨汊湖站、常青花园站、轻工大学站、园博园北站、金银湖站、金银湖公园站。
站点 站名 具体方位
1 东风公司站东风大道与车城北路的交叉路口东侧，沿车城北路布置，与3号线换乘。
2 车城东路站 车城东路和车城北路交会处地下，沿车城北路布置。
3 江城大道站 江城大道紧邻南太子湖的路口地下，与远期10号线换乘。
4 老关村站 长江路与三环线白沙洲大桥匝道交叉路口地下，沿长江路布置。
5 国博中心站 国博南侧规划高层住宅地块内，与鹦鹉大道平行布置，与远期11号线换乘。
6 海洋乐园站 在建的博览中心西北向广场地下。
7 前进村站 鹦鹉大道与洲头南路十字路口地下，沿鹦鹉大道布置。
8 建港路站 鹦鹉大道与红建路交会处地下，沿鹦鹉大道布置。
9 马鹦路站 鹦鹉大道与马鹦路交会处地下，沿鹦鹉大道布置。
10 钟家村站 鹦鹉大道与汉阳大道交会处地下，沿鹦鹉大道布置，与4号线换乘。
11 琴台路站 鹦鹉大道古琴台东南测，沿鹦鹉大道布置。
12 武胜路站 武胜路与中山大道交叉路口处，沿中山大道布置。
13 汉正街站 中山大道利济路至多福路之间，沿中山大道布置。
14 六渡桥站 中山大道民意一路至前进二路之间，沿中山大道布置。
15 江汉路站 中山大道民生路至江汉路步行街之间，沿中山大道布置，与2号线换乘
16 大智路站 京汉大道、球场街和解放南路交会处地下，沿球场街布置，与1号线换乘。
17 苗栗路站 香港路与苗栗路交会处地下，车站沿香港路布置。
18 香港路站 香港路与建设大道十字路口地下，沿香港路布置，与3号线、7号线换乘。
19三眼桥北路站 香港路与三眼桥北路十字路口地下，沿香港路布置。
20 唐家墩站 发展大道与唐家墩路十字路口地下，沿唐家墩路布置，与远期10号线换乘。
21 石桥路站 后湖大道与规划石桥路路口地下，沿石桥路布置，与远期12号线换乘。
22 杨汊湖站 与规划石桥路路口地下，沿石桥路布置。
23 常青花园站 花园中路地下，地铁2号线常青路站门口，与2号线换乘。
24 轻工大学站 常青花园中路和学府南路交叉路口地下，沿常青花园中路布置。
25 园博园北站 金山大道和金南一路交叉路口地下，沿金山大道布置，与7号线换乘。
26 金银湖站 金山大道银桥和金桥之间靠银桥段地下。
27 金银湖公园站 金山大道和环湖西路交叉路口地下，沿金山大道布置。[2]
6号线全部为地下车站，其中有11座车站与多条轨道交通线形成换乘。分别是：体育中心站与先期建设的3号线、远期规划10换乘，江城大道站与远期规划的10号线换乘，海洋乐园站与远期规划11号线换乘，钟家村站与先期建设的4号线换乘，江汉路站与先期建设的二号线换乘，大智路站与建成的1号线换乘，香港路站与先期建设的3、7号线换乘，唐家墩站与远期规划的10号线换乘，幸福大道站与远期规划12号线换乘，常青花园站与先期建设的2号线换乘，东方马城站与将要建设的7号线换乘。
一期工程设一场一段，车辆段位于线路南端、三环线白沙洲大桥南侧的老关村，与博览中心站接轨；停车场位于交通管理局东西湖大队南侧、金山大道北侧，与环湖西路站接轨。控制中心设置在赵家条，与3号线和7号线共用；设置2座主变电所，分别位于古琴台和杨汊湖。