南京地铁3号线连接江北地区-主城-东山，途经江北的浦口区，江南的鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区6个行政区，是贯穿南京市城市中心区域的城市快速轨道交通骨干线路。线路全长44.8公里，共设车站29座，控制中心1座位于南京南站，主变电站2座，停车场、车辆段各1处。其中地下站28座，高架站1座（林场站）。南京地铁3号线最新线路站名(一共29站）：林场站、星火路站、东大成贤学院站（新）、泰冯路站、天润城站、柳州东路站（新）、上元门站（新）、五塘广场站（新）、小市站（新）、南京站、南京林业大学·新庄站（新）、鸡鸣寺站（新）、浮桥站、大行宫站、常府街站、夫子庙站、武定门站（新）、雨花门站、卡子门站、大明路站、明城大道站（新）、南京南站、宏运大道站、胜太西路站、天元西路站、九龙湖站（新）、诚信大道站、东大九龙湖校区站（新）、秣周路站、秣陵路站。
原来的老线路站名(一共29站）：林场站、星火路站、高新路站、泰冯路站、京新村站、浦珠路站、滨江路站、五塘村站、和燕路站、南京站、新庄站、市政府站、浮桥站、大行宫站、常府街站、夫子庙站、长乐路站、雨花门站、卡子门站、大明路站、明发广场站、南京南站、宏运大道站、胜太西路站、天元西路站、清水亭西路站、诚信大道站、吉印大道站、秣周路和秣陵路站。
起点林场站，沿浦口规划中心路设星火路站、东大成贤学院站、泰冯路站、天润城站；
在浦珠路与柳州东路路口设柳州东路站；
过长江在上元门设上元门站；
沿中央北路设五塘广场站（幕府路路口）、小市站、南京站站、南京林业大学·新庄站；
沿太平北路和太平南路设鸡鸣寺站、浮桥站、大行宫站、常府街站；
在健康路与平江府路路口设夫子庙站，长乐路与江宁路路口设武定门站；
线路然后沿江宁路向南，设雨花门站、卡子门站、大明路站（大明路与宁溧路路口）、明城大道站、南京南站、宏运大道站；
下穿秦淮河到胜太西路站（利源路与胜太路路口）、天元西路站（利源路与天元路路口）、九龙湖站、诚信大道站（宁溧路与诚信大道路口）、东大九龙湖校区站（宁溧路与吉印大道路口）；
终点位于绕城高速公路以南秣周路站。
2013年初最新消息，终点站南延线一站，在秣陵集镇，2014年6月建成通车。