南京地铁一号线自奥体中心向东途径小行拐向北，经新街口至终点迈皋桥站，线路全长21.72公里，其中地下线.33公里，地面及高架线7.39公里，项目总投资85亿元。全线共设车站16座，其中地下车站11座，地面及高架车站5座。车站自西向东依次为：奥体中心站、元通站、明基医院·中胜路站，自南向北分别为小行站、时光澔运·安德门站、中华门站、三山街站、张府园站、新街口站、珠江路站、农业银行·鼓楼站、玄武门站、新模范马路站、南京站站，红山动物园站、高力家具港·迈皋桥站。
南京地铁二号线一期工程是一条连接主城中心和城市副中心的东西向骨干线，西起河西新区的油坊桥，东止紫金山麓的马群，线路全长25.27公里，共设车站19座，分别为油坊桥站、雨润大街站、博览中心•元通站、奥体东站、永隆家居•兴隆大街站、集庆门大街站、云锦路站、莫愁湖站、汉中门站、省中医院•上海路站、德基广场•新街口站、宝庆银楼•大行宫站、军区总院•西安门站、明故宫站、苜蓿园站、下马坊站、孝陵卫站、钟灵街站、马群站。其中地下站18座，高架站1座，车辆采用A型车6辆编组，在油坊桥和马群分别设停车场和车辆段一处，控制中心设在珠江路。元通站、新街口站为南京地铁一、二号线换乘站。
南京地铁二号线东延线工程，由一期工程马群站沿宁杭公路向东延伸至仙林新市区，共设车站7座（不含马群站），设紫东创意园•金马路站、仙鹤门站、学则路站、仙林中心站、中医药大学•羊山公园站、南大仙林校区站、经天路站。东延线线路全长12.68km，其中高架线约占全长86.8％；地面线路（含下穿沪宁高速公路路基段涵洞）约占全长13.2％。二号线东延工程是南京地铁又一新的融资模式的实践和运用，是一条完全由受益区即仙林大学城出资建设与南京地铁总公司融资建设的轨道交通线路，也是南京地铁第一条主体为高架的线路。这条高架线采用目前世界上最新的鱼腹式车站和U型梁组合的新工艺，建成后不仅是已建线路中最先进和最节能环保的高架线路，也将成为一条高出地面的轨道交通建筑景观线。
南京地铁一号线南延伸线（简称南延线），由一号线安德门站向南延伸至东山新市区，经过建设中的京沪高速铁路南京站，穿越雨花区和江宁区，止于中国药科大学站，线路全长25.08km。南延线共设车站15座（不含安德门站），分别为天隆寺站、软件大道站、花神庙站、高铁南京南站、双龙大道站、河定桥站、胜太路站、1912•百家湖站、台湾广场•小龙湾站、竹山路站、天印大道站、龙眠大道站、南医大•江苏经贸学院站、江苏海院•南京交院站、中国药科大学站。，其中地下站8座，高架站7座。南延线采用与一号线相同的A型车六辆编组，在既有一号线的基础上在城东路新建停车场一座，在小龙湾新建主变电站一座，控制中心设在珠江路控制中心大楼内。