南京地铁二号线所有站点都有厕所。
站厅有厕所:油坊桥、奥体东、孝陵卫、马群、仙鹤门、学则路、仙林中心、羊山公园、南大仙林校区、经天路;站台有厕所:雨润大街、元通、兴隆大街、集庆门大街、云锦路、莫愁路、汉中门、上海路、新街口、大行宫、西安门、明故宫、苜蓿园、下马坊、钟灵街、金马路。
南京地铁共计有11个站点没有厕所,这11个站点中的10个分布在地铁一号线,这主要是由于早期的设计考虑不周造成的。11个没有厕所的站点如下:
地铁1号线:迈皋桥、红山动物园、南京站、新模范马路、玄武门、珠江路、张府园、中华门、安德门、竹山路;地铁10号线:小行。