截至2016年4月，南京地铁有南京地铁4号线（一期）、南京地铁S7号线、南京地铁S9号线正在建设中，南京地铁5号线试验段已正式开工建设。 线路起讫站站数里程车辆编组标志色预计通车时间南京地铁4号线
（一期） 龙江站，仙林湖站 2233.8km6B紫色2017年底南京地铁S9号线 翔宇路南站，高淳站652.5km4B宝石绿2018年底南京地铁S3号线 黄里站，南京南站 1837.8km6B粉紫色2018年底南京地铁S7号线 禄口机场站，无想山站930.5km4B宝石绿2019年底线路及标志色线路走向列车外观 地铁4号线一期途径鼓楼区、玄武区和栖霞区，线路西起龙江站，进入南京主城一路向东，北绕紫金山，进入仙林大学城，东至仙林湖站。 地铁S9号线（地铁S1号线二期）全线共设车站6座，分别为禄口新城南站、铜山站、石湫站、明觉站、高淳北站以及高淳站。 地铁S3线一期途径雨花台区、建邺区和浦口区，线路东起南京南站，经过雨花开发区北部、铁心桥地区、河西南部，行驶大胜关长江大桥两侧预留的通道跨越长江，进入桥林新城，西至黄里站。 S3号线列车图暂无 地铁S7号线途径江宁区和溧水区，连接禄口新城和溧水城区，线路北起禄口机场站，经溧水柘塘新区、溧水经济开发区，沿秦淮路穿越溧水城区，南至无想山站。 南京地铁票价实行低票价策略，从2005年9月3日首条地铁正式运营起至2007年10月6日间，南京地铁票价为中国最低。随着2007年北京将地铁票价统一改为2元，从2007年10月7日至2014年6月30日间，南京地铁在中国是仅次于北京地铁的第二低票价。票价按区间长短分为2、3、4元三等，2元可乘坐1至8个站（包括上车站），3元可乘坐9至12个站，13站以上4元封顶。
随着新线的开通，南京地铁票制已进行调整，改为按里程计价，新票价在以里程计算费用的城市地铁中为最低。2014年7月1日起，起步价2元可乘10公里，10公里以上部分，每1元晋级里程为6、6、8、8、10、10、12、14公里。 票价查询可访问南京地铁官网（链接请点→ ）。 南京地铁线网票价方案分段乘坐里程（公里）跨度单程票票价10≤里程≤1010公里2元210<里程≤166公里3元316<里程≤226公里4元422<里程≤308公里5元530<里程≤388公里6元638<里程≤4810公里7元748<里程≤5810公里8元858<里程≤7012公里9元970<里程每14公里增加1元新的价格方案保证了84%的乘客不受影响；4%的乘客出行成本下降，例如莫愁湖站-孝陵卫站，中华门站-南京站，新街口-迈皋桥，票价都由3元降为2元；12%的乘客略有上浮，比如新街口-药科大学站、新街口-经天路站，原本票价4元，而新票价执行后，都变成了5元。
乘客可以使用“金陵通”卡或“南京市民卡”刷卡进站，票价9.5折。使用学生卡的乘客以及使用“南京市民卡”的60岁至69岁的乘客可以半价乘坐，使用“金陵通”敬老卡或“南京市民卡”的70岁以上乘客免费乘坐，每名付费乘客可免费携带一位身高1.30米以下的儿童。乘客可在站内进行线路之间的换乘，在出站时以乘坐的总站数计算收费金额，不需重新计费。
2015年4月1日随着地铁3号线的开通，202个区间票价减少1元，南京地铁实行最短里程计价，即当2个站点之间存在多条路径时，选择最短路径里程作为该区间的票价计算依据。以现有的大行宫站为例，从大行宫到南京南站，需要在新街口站换乘1号线再前往，由于里程超过了10公里，所以票价为3元。而3号线开通后，大行宫到南京南站不需要换乘，距离将大幅缩短。地铁运营方的官方数据显示，距离为8938米。因为这段里程低于10公里，所以票价降为2元，一共会有202个这样的区间。 单程票：外观圆形，面值与购买价格相对应，单次乘坐进闸机生效，到达目的地站后出闸机后回收。
金陵通卡：具有储值功能，没有最低金额限制，上不封顶，刷卡成人九五折未成年人对折。
纸质车票：是指南京地铁出现大客流时，采用人工售票、人工检票验票所使用固定面额的纸质的车票，面额有2元、3元、4元三种。
限期计次卡：是南京地铁每逢节假日或者南京地铁运营纪念日发行的一定面值的储值卡，限制在一定的日期前使用完，并且每次乘坐不分乘坐里程长短一律2元或者3元。
乘坐南京地铁可使用单程票或金陵通，使用金陵通的乘客将获得9.5折的优惠，使用金陵通学生卡乘客将获得5折的优惠。
限期计次卡举例如下：
2010年12月22日，南京地铁运营分公司在管内57个车站发售2011年农历兔年生肖计次卡。本期兔年生肖计次卡为国内首创的四联漫画风格地铁计次卡，将耳熟能详的“龟兔赛跑”故事进行了全新演译，对白设计则用了时下流行网络语言，风格轻松活泼，既有一定的收藏价值，同时又是南京地铁的一次惠民措施。本套生肖计次卡每套4张，每张售价100元，可单张购买。每张卡可不限距离乘坐地铁30次，有效期从购买之日起至2011年11月30日。
南京地铁3号线的客流统计
地铁3号线开通首日截至9:00，3号线全线进站客流37789人，柳洲东路站进站客流为全线最高，达8295人。地铁3号线江北段客流早高峰比1号线和2号线提前约15分钟左右，主要集中在柳洲东路站、天润城站和泰冯路站。由于3号线的通车，S8号线结束“孤线”运营，截至11:00，宁天城际线客流增幅达到112%。截至当天16:00，地铁3号线进站客流为115301人（不含南京南站）。
2015年4月1日，地铁3号线开通首日客流为40.7万人次，是南京地铁历史上新线路开通首日所达到的最高客运量。随着3号线的开通，宁天城际线同步连入线网，结束了8个月的孤线运营状态，4月1日宁天城际线的客流增幅与上周同期相比达到204%。同时，4月1日起，整个线网的换乘效率和连通度得到极大提升，地铁网络化运营的客流拉动效应开始凸显。 在3号线“助力”之下，南京地铁全线网客运量达到211.1万，刷新了2014年12月31日创造的198.89万客运量的历史纪录。 2015年4月3日，南京地铁全线网客运量达到251.73万，短期内刷新了4月1日3号线开通首日创造的211.1万客运量的历史记录。
地铁3号线开通6天日均客流为43.9万人次（分别为40.7、36、50.3、48.2、41.5、46.5），2015年4月3日，地铁3号线客流达50.3万人次。2015年4月11日，地铁3号线客流达54.2万人次。2015年4月30日，地铁3号线客流达56.9万人次。
2015年5月1日，地铁3号线客流达62.8万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。
2015年12月31日，地铁3号线客流达71.6万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。
2016年3月19日，地铁3号线再创新高，客流达73.4万人次，为最高单日线路客运量。