根据规划，地铁三号线从原江浦县的林场火车站出发，经上元门过江通道版越过长江到达江南地权区的五塘村、南京火车站，在新庄站南折向太平北路方向，过市政府、大行宫等站后经过夫子庙直至南京南站，全线共设19个站点，线路总长30.9公里，计划投资129．49亿。
一条纵向贯穿江北新市区、主城的城中地铁干线，三号线与一号、二号、四号、五号、六号、七号、八号都实现了换乘。其中在干休所站与七号线换乘；在南京站站与一号、六号两条线换乘；太平北路与北京东路口的市政府站与四号线换乘。同时，三号线的大行宫站与二号线大行宫站十字相交换乘；而夫子庙站将实现三号线与五号线的换乘；在雨花门站，三号线与八号线换乘；在南京南站站则实现与一号线南延线等换乘。在江北的火炬南路站，三号线还将与未来的江北轻轨换乘。
南京地铁3号线线路
南京地铁3号线是南京地铁第六条建成运营的线路，也是南京地铁第二条开通的过江线路，于2015年4月1日正式运营，标志色为绿色。
地铁3号线途径浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起江北新区的林场站，下穿长江进入主城一路南下，进入东山副城，南至秣周东路站。延伸至秣陵街道站的三期工程已进入前期准备阶段，将于2017年底前全面开工。
线路和发车时间时刻表如下
地铁3号线全长44.9千米，其中地下线42.5千米、高架线2.4千米;共设置29座车站，其中地下站28座、高架站1座;列车采用6节编组A型鼓形列车，由中国南车南京浦镇车辆有限公司、新誉集团、庞巴迪运输瑞典有限公司联合制造。
截至2018年10月，南京地铁3号线日均客流81万人次。2018年9月30日的101.07万人次为地铁3号线最高单日线路客运量。
南京地铁3号线三期工程北起秣周东路站(已建)，沿双龙大道向南，下穿云台山河后继续沿路向南至正方大道，设和风路站和秣陵街道站，全长约3.33.3千米，投资33.7亿元，规划建设期为2017~2019年。