南京地铁能用支付宝支付。目前，南京地铁支持银联闪付和支付宝二版维码支付方式权。使用支付宝刷地铁的方法：打开支付宝之后，点击主页面上面的卡包功能，然后在付款的页面，下方有一个乘车码。点击了乘车码之后，页面会自动跳转到领取卡片的页面，如果你已经领取了卡片之后，那么久会出现一个地铁机器可以刷的二维码。点击了上面的南京地铁电子卡之后，就出现下面的页面，同意协议之后，点击领取。然后在授权页面，点击确认并领取，最终就领卡成功了，以后就可以使用支付宝刷卡进站了。
在南京坐地铁可以刷二维码吗
12月20日，南京地铁移动支付项目正式进入公开测试阶段。南京地铁174个车站手机扫码进站，每个站点“两进两出”通道已开启！
继12月6日南京地铁经营方在票价调整听证会上提及到年底要开通移动支付“两进两出”通道之后，12月20日，南京地铁移动支付项目进入全线网174个车站、每站“两进两出”通道的公开测试阶段。当天上午，地铁执勤民警亲身试验了支付宝扫码进站，点击进入支付宝页面后，找到“城市服务”版块，在左上方的“金陵通乘车卡”版块点击进入，随后选择领取卡片后就会生成金陵通乘车卡和南京地铁电子卡，前者用于乘坐公交，后者用于乘坐地铁，卡片之间可以切换，生成的二维码用于扫码进站。
具体流程图：
1.支付宝→付钱→乘车码→添加卡片→南京地铁电子卡；
2.已经有金陵通乘车卡的选择切换卡片→南京地铁电子卡
打开支付宝
↓
点击右上角的“+”
进入乘车码切换卡片
整个过程比较流畅，但由于大部分乘客还不清楚地铁已经开通的扫码支付功能，从12月20日当天的新街口站早高峰情况看来，绝大部分乘客仍然选择使用传统的地铁卡；有少部分乐于“尝新”的市民在采用手机支付功能之后则表示非常方便，并且提出问题，即现有的支付宝扫码进站是否比刷传统的交通卡更优惠。据地铁公安了解，支付宝方面会有一些优惠红包可以领取，至于优惠多少，就要看看大家的手气如何了。
同时，南京地铁警方提醒：由于手机支付功能的日益强大，请大家在进行扫码乘车时注意保护隐私，避免向他人展示二维码；同时当他人以现金不够为由向自己借钱乘车时，可以提醒对方用手机支付扫码进站，这也不失为一种避免地铁站内常见的“小额诈骗”案件的好方法。