南京站1号线车站分南北两个站厅，北站厅文化墙的主题为“金陵揽胜”，是一面具有金陵地标的青瓷花钢板雕刻作品，其中可以看到总统府、中华门、中山陵等地标建筑错落其中，展示了古城南京的山川美景与人文内涵。
南京站3号线车站艺术墙的主题为“元春省亲”，创作人金延林对画面中的每一处细节都经过了严谨的考据。墙上贾府迎接元春的女眷掩映在青松翠竹下，有的满脸期待、有的腼腆羞涩。这个场景在以往很多画家的笔下都呈现成贾府上下阖府相迎，这显然不对，因为《红楼梦》把封建礼制体现得淋漓尽致，突出内外有别、男女有序。因此在“元春省亲”的艺术墙上，所有官职的男子在府门外迎接，女眷则在宅内（二门以内）迎接。在艺术墙中间位置，则描绘了省亲队伍中的核心：八人大轿和里面的贾元春。专家查阅妃嫔出行仪式规格和轿辇规格后，在画面中画了符合贵妃身份的黄顶红厢八人大轿。元春省亲的盛大场面，契合南京站“回家”的主题。 地铁1号线南京站“美德车站”是继珠江路糖果车站、新街口和谐车站、南京南站博爱车站、鼓楼清风车站后第五个主题车站。“美德车站”于2014年年6月筹建，11月建成，位于地铁南京站的北站厅及出入通道，包含主题墙、核心柱、楷模馆、美德格言、传承美德、践行美德六大板块，运用动态静态展示，一起来听南京故事，感受核心价值观，让更多人了解最美南京人。
在地铁南京站的北站厅及出入通道可以看到，在车站的墙壁上、玻璃上、立柱等地方到处体现着“美德”的主题。此外在北站厅主通道区域，有一面长14.5米、高1.8米的巨幅云锦，这幅耗时100天、100人织造完成的巨幅云锦，其内容是明代画家仇英的长卷绘画作品《南都繁会图》。《南都繁会图》生动地描绘了明永乐年间南京秦淮河两岸的盛况，反映了明代南京的城市社会经济和社会生活的繁荣景象，体现了一种勤劳朴实的美德。
此外该幅巨型云锦不仅有古代南京风貌，同时也织造了新金陵48景，不乏夫子庙、长江大桥、紫峰大厦等景物，既能体现古代的繁华，也能体现现在南京繁荣昌盛的景象。云锦一般是织龙或凤很少织绘画作品，为此制作者特地到现场进行观摩，这幅云锦描绘了109间不同的店铺和不同的招牌，当中还有1000多个形态各异的人物。 介绍图片主题墙主题墙设在南京站北站厅主通道区域，是南京云锦研究所以明代画家仇英的长卷绘画作品“南都繁会图”为基础附加金陵48景设计制作成长约14.5米，高约1.8米的巨幅云锦，历经4个月不间断的人工编制后用卷轴工艺的形式上墙呈现。美德车站的标识书法字为南京市书法家协会副主席杨康乐题字。主题墙的主题紧扣美德二字，为“美在金陵，德行天下”，意在通过美德车站将南京的美德之光传送到各个地方。 核心柱“美德车站”的宣传仅仅围绕核心价值观，在车站北站厅正中12个立柱上，每个立柱上突出核心价值观中的一个主题词，其它的主题词淡色处理。图文效果为中国结形状，上下柱边为云锦云纹图案，与云锦主题墙呼应。 楷模馆道德楷模馆主要用电视大屏的形式播放南京的善行义举榜、最美人物、南京榜样、南京好市民、感动南京年度人物等市民楷模的事迹、微电影、宣传片等。 美德格言站厅和通道内设置挂旗，挂旗内容为南京市部分道德模范、中国好人、南京好市民的感言、感悟。 美德长廊在2号出入口的通道长廊，以个人美德、家庭美德、处世美德方面的古今家训为主题。现代家训主要由面向南京市民征集而来。南京市书画家协会的艺术家们结合自己的感悟创作出具有南京特色的古今家训书法与绘画作品。
在3号出入口的通道长廊，打造了总长76米《图说我们的价值观》图说墙长廊，让人们在耳濡目染中对社会主义核心价值观入脑入心。
南京地铁3号线的沿线车站
站名车站形式换乘线路有无卫生间林场站高架岛式站厅有星火路站地下岛式站台有东大成贤学院站地下岛式站台有泰冯路站地下岛式南京地铁S8号线（营运中）站台有天润城站地下岛式站台有柳洲东路站地下侧式站台有上元门站地下侧式站台有五塘广场站地下岛式南京地铁7号线（规划中）站台有小市站地下岛侧站台有南京站地下双岛南京地铁1号线（营运中）
南京地铁9号线（规划中） 站台有南京林业大学·新庄站地下岛式站台有鸡鸣寺站地下岛式南京地铁4号线（建设中）站台有浮桥·华海3C广场站地下岛式南京地铁13号线（规划中）站台有大行宫站地下岛式南京地铁2号线（营运中）站台有常府街站地下岛式站台有夫子庙站地下岛式南京地铁5号线（规划中）站台有武定门站地下岛式站台有雨花门站地下岛式南京地铁8号线（规划中）站台有卡子门站地下岛式南京地铁10号线二期（规划中）站台有大明路站地下岛式站台有明发广场站地下岛式南京地铁6号线（规划中）站台有南京南站地下双岛南京地铁1号线（营运中）
南京地铁S1号线（营运中）
南京地铁S3号线（建设中） 站台有宏运大道站地下岛式站台有胜太西路站地下岛式南京地铁12号线（规划中）站台有天元西路站地下岛式站台有九龙湖站地下岛式站台有诚信大道站地下岛式南京地铁5号线（规划中）站台有东大九龙湖校区站地下岛式站台有秣周东路站地下侧式站台有
南京地铁每条线路都有独特的代表色，3号线的代表色为绿色，在此前3号线“笑脸车”露面后，市民又把3号线列车亲切地称为“小绿”。
在3号线车站内，不仅有作为标识色的绿色。在地理位置处于江北、江宁的车站中，装修风格上还大量运用了黑、白、灰三种色调，例如在九龙湖站，车站的立柱便是白色为底色，灰色勾勒出边框。
江南建筑物的色彩多以和谐淡雅为基调，黑、白、灰是江南民居中一贯出现的色调。在位于江北、江宁的车站使用黑、白、灰作为装饰色，突出南京中的江南元素。位于城中的车站，车站立柱上的边框则由金色勾勒，为主城区车站增添金色的色调，也让车站浸染在作为六朝古都的南京的儒雅气质中。 3号线车站艺术墙在甄选《红楼梦》中场景时，讲究挑选广大地铁乘客耳熟能详、有代表性的经典章节，以达到雅俗共赏。在为地铁3号线选择主题时，发生在秦淮河畔的《桃花扇》曾是备选方案之一。但是，地铁作为一项公共交通工具，考虑到作品的雅俗共享性，最终敲定了更被大众熟知的古典名著《红楼梦》为文化主题。
车站选用的场景是《红楼梦》中老百姓耳熟能详的经典场景，既具代表性，又符合雅俗共赏的特点，在内容上，也摒弃了书中悲剧性的情节。艺术墙重现的虽然均为《红楼梦》中的经典场景，但风格十分多变，有些甚至打破了人们心中对经典的一贯印象。
为让乘客更加身临其境地感受到红楼气息，在部分艺术墙的场景设计上，特意与站点的地理环境相契合。9个场景对应9个站点，场景和站点间的联系也是别有新意的：如“南京站”对应“元春省亲”，其实有这样一种意味——南京站里迎来送往，节假日里欢迎着或者送别着归家的人，南京站里的悲欢离合就是一部人生大戏。而《红楼梦》里“元妃省亲”讲的就是元妃荣归故里，合家团圆的盛景。把这一幕放在南京站，暗合“欢迎回家”的寓意。 站名主题简介图片五塘广场站太虚幻境盘点《红楼梦》一书中的经典章节，“天仙福地太虚境”乘客一定不陌生，在这一节中，贾宝玉梦游仙境、饮酒品茗，跟“兼美”柔情缱绻，又有警幻仙姑和祖先之灵对他谆谆警戒。最后宝玉落入万丈迷津，这正是对他一生的简要概括，也是全书题名的由来。五塘广场站是3号线过江后的第一座主题车站，因此在艺术墙主题上，选择了具有《红楼梦》全书开篇意义的“太虚幻境”场景。“太虚幻境”场景用彩雕艺术玻璃呈现，贾宝玉立于壁画的最右边，只见他抖开手中书卷，顿时奇山怪石、各色风景等从书卷中喷涌而出，小到包括“根并荷花”，大到“玉带林中挂，金簪雪里埋”，还有众仙姑、舞女、两个疯道僧，而壁画最左边则是警幻仙姑的脸。五塘广场站艺术墙的创作人为外籍华人吴达立，因此在构图方式、用色上也融入了西方特色，颇具“国际范”。 南京站元春省亲南京站艺术墙的主题为“元春省亲”，创作人金延林对画面中的每一处细节都经过了严谨的考据。墙上贾府迎接元春的女眷掩映在青松翠竹下，有的满脸期待、有的腼腆羞涩。这个场景在以往很多画家的笔下都呈现成贾府上下阖府相迎，这显然不对，因为《红楼梦》把封建礼制体现得淋漓尽致，突出内外有别、男女有序。因此在“元春省亲”的艺术墙上，所有官职的男子在府门外迎接，女眷则在宅内（二门以内）迎接。在艺术墙中间位置，则描绘了省亲队伍中的核心：八人大轿和里面的贾元春。专家查阅妃嫔出行仪式规格和轿辇规格后，在画面中画了符合贵妃身份的黄顶红厢八人大轿。元春省亲的盛大场面，契合南京站“回家”的主题。 常府街站品茗常府街站艺术墙的主题为“品茗”，一整面纯白色的浮雕壁画扑面而来，在汉白玉的精心雕琢下，表现了宝玉见宝钗、妙玉品茗、黛玉饮酒、宝善敬酒等故事，初次相会的宝玉和宝钗、撕扇的晴雯、品茗的妙玉等人物栩栩如生。 大行宫站金陵十二钗大行宫站3艺术墙的主题为“金陵十二钗”，江宁织造博物馆是《红楼梦》中大观园的原型，与3号线大行宫站毗邻，金陵十二钗聚集于与其毗邻的大行宫站，由汉白玉雕琢成的椭圆形边框为贾宝玉的宝玉外形，隐喻了宝玉和十二钗千丝万缕的联系。 夫子庙站除夕夜宴说到夫子庙，不能不提历史悠久的夫子庙秦淮风味小吃，这一站的艺术墙便融汇了夫子庙的饮食文化。夫子庙站艺术墙的主题为“除夕夜宴”，表现了群芳夜宴寿怡红和除夕夜宴猜灯谜的场景，墙上以贾母为中心，贾宝玉等人分立左右，侍女们端着食盒随在其后，秦淮名小吃跃然墙上。在设计这面艺术墙时，设计者特意从《红楼梦》中精心挑选了几处有关寿宴、夜宴的章节，融会贯通，以展现夫子庙饮食文化。书中猜灯谜的场景也被重现，表现了官家欢度元宵的场景，与相隔不远的地铁1号线三山街站艺术墙主题“灯彩秦淮”，遥相呼应。此外，该站的吊顶也仿效了孔庙大成殿的样式，更贴合周边的地理环境。 武定门站湘云眠芍武定门站吊顶采用了白鹭和祥云的图案，文化墙的主题为“眠芍”，用长卷式的手法再现了薛宝钗和林黛玉谈《牡丹亭》和《西厢记》、湘云眠勺等故事。 雨花门站黛玉葬花雨花门站文化墙的主题为“黛玉葬花”，设计者大胆选用了年轻人更熟悉的漫画风格，绘制出黛玉葬花、宝玉顾盼、宝钗扑蝶的场景，反应了三者微妙的关系，三个故事人物比例大小不一，颇具颠覆性。文化墙选用彩雕艺术玻璃呈现，和颜色古朴的天然石材马赛克相比，颜色上更瑰丽。 卡子门站大观园卡子门站文化墙的主题为“大观园”，以西方写实的风格表现了大观园盛景，侧石材浮雕表现了金陵十二钗与花相。 九龙湖站诗社九龙湖站艺术墙的主题为“诗社”，表现了《红楼梦》中海棠诗社的场景，由苏绣中的乱针绣刺绣而成，是南京地铁在艺术墙中第一次使用刺绣工艺，乱针绣的针法特点是长短不一、方向不同且互相交叉，再加上运用了分层、加色手法，使得整面艺术墙在色彩上更为丰富。
2015年4月1日南京地铁3号线开通首日上午，演员在南京地铁3号线大行宫站的“金陵十二钗”艺术墙前为乘客表演越剧《红楼梦》。
2015年4月20日下午，江苏省演艺集团昆剧院的优秀青年演员张争耀、蔡晨成、徐思佳，分饰《红楼梦》中的经典人物：贾宝玉、林黛玉、薛宝钗，表演昆曲《红楼梦》中《读曲》和《识锁》两个精彩片段。下午2：30，地铁3号线首列昆曲主题列车驶进大行宫站，昆曲《红楼梦》里的宝玉、黛玉、宝钗一起走进站台，坐上了昆曲主题列车。
2015年8月南京地铁运营十周年系列活动暨星期广播文化沙龙，将南京白局、京剧、锡剧等传统文化引进车厢，乘客可边乘车边看戏。8月14日，曲艺专场的吆喝和南京白局在大行宫站表演，8月15日紧邻南京儿童医院的珠江路站上演儿童剧。