1971年1月15日，北京地铁一期工程线路开始试运营，单程票价被定为0.10元，而且只有拥有工作单位介绍信的人才能参观乘坐。
1987年12月28日，地铁单线票价被提高到0.20元，两线转乘票价则是0.30元。北京地铁在1988年年输送旅客量达到了3.07亿人次。1990年，地铁日客流量首次突破100万人次，而全年总客流量达到了3.81亿人次。在1991年票价上涨至0.50元后，年客流量下降了1000万人次。
除了1991年票价上涨的影响之外，北京地铁的客流量快速攀升，在1995年达到年客流量5.58亿人次的历史新高，但次年因票价上涨到2元，年客流量下降至4.44亿人次。
在2000年票价再次上涨到3元后，年客流量从1999年的4.81亿人次下降到了4.34亿人次。
在5号线开通当天，地铁票价从3元至5元不等降至单一票价2元，且可以随意转乘任何线路。低票价使得北京地铁在2007年亏损6亿元。北京市政府通过补贴地铁运营公司的方法填补亏损，以鼓励市民乘坐地铁，减少交通拥堵和空气污染。2007年北京地铁共运载旅客6.55亿人次，北京市政府平均每车次要补贴0.92元。
1、乘坐地铁须照章购票、刷卡，接受验票，凭票乘车。对使用伪造、涂改、 冒用、过期、无效票证者，依据《北京市地下铁道列车车票使用办法》执行。
2、携带物品面积超过一个座位面积的，需另加购一张同程等额车票；身高达到1.2米的儿童需购票进站。
一卡通：全称市政交通一卡通，可在北京市的公共交通和出租车刷卡乘车；还附带消费功能。
单程票：北京使用新型AFC检票售票系统。乘客可通过自动售票机，采用拍卡入闸、插卡出闸方式，出站时车票回收，重新发售。
自助购票：支持1元硬币，5元、10元、50元纸币。
购卡充值点：绝大部分地铁站售票亭的人工充值窗口均可购卡充值（但每个站大多只有一个人工充值口，请注意）地铁站的自动售票机一般也可负责充值，接受10元及以上全部面额纸币，不能找零（但1、2号线很多站没有自动充值设备）北京常见的便利店、超市也可充值，并可用公交卡小额消费。
退卡点：要求余额不超过100元，不能有欠费，卡不能有磨损损坏，数据可读，贴膜卡要把膜揭掉，退卡网点非常有限。 北京一卡通退卡点（公交车站）信息城区地址 朝阳区五路居104路总站、东大桥28路总站西城区阜城门335路总站、展览路电车公司门口、动物园枢纽站15路总站、北京市政交通一卡通公司西单客服中心民族宫东侧、北京市政交通一卡通公司金融街通泰大厦B座18层东城区安定门西328总站、北京站东街403路总站石景山区衙门口客六分公司丰台区草桥 300内环顺义区交通局（顺义区南法信镇双清街3号）北京一卡通退卡点（地铁车站）信息线路站点 1号线古城南厅、 四惠西厅2号线西直门西北出入口、建国门C口5号线雍和宫北厅、东单南厅、宋家庄西厅8号线北土城站厅9号线七里庄站厅10号线芍药居站厅、知春路站厅13号线立水桥站厅北端、东直门上行进站15号线望京西站、花梨坎站大兴线义和庄站昌平线生命科学园站、沙河高教园站房山线良乡南关站、大葆台站亦庄线万源街站、荣昌东街站机场线3号航站楼售票厅
在北京奥运年，为了维护奥运会和残奥会的安全，北京地铁于2008年6月29日启动了安全检查 。在奥运结束之后，安检的措施被保留下来 。
1、严禁携带易燃、易爆、有毒、腐蚀性、放射性和杀伤性等危险品 （如雷管、炸药、鞭炮、汽油、柴油、煤油、油漆、电石、液化气、管制刀具、各种酸类等）以及其它危害公共安全的物品。
2、严禁携带超长（1.8米以上）、易碎（如玻璃及易碎玻璃制品等）、笨重（如自行车、洗衣机、电视机、台式电脑显示器、电冰箱等）、 妨碍公共卫生、车内通行和容易污损地铁设备和站、车环境的物品及动物进站乘车。
3、2014年12月6日起，携带物品超过0.25㎡将不允许乘坐地铁。 主词条：北京地铁车站列表
截至2015年12月，北京地铁拥有转乘站53个，其中有3个三线转乘站（西直门站为2号线、4号线、13号线转乘站，东直门站为2号线、13号线、机场线转乘站，宋家庄站为5号线、10号线亦庄线转乘站），其余均为双线转乘站。
转乘方式基本分为：地上站和地下站的转乘（如知春路站）、平行同站厅转乘（如四惠站）、平行工字型转乘（如三元桥站）、岛岛丁字节点转乘（如建国门站）、岛岛十字节点转乘（如西直门站）、上侧下岛十字节点转乘（如惠新西街南口站）和跨月台转乘（如国家图书馆站）、三线跨月台转乘（如宋家庄站）。特殊的是东直门站，东直门站转乘机场线需要重新购票。
北京地铁早期线路之间的转乘问题是较为被人诟病的地方。相比于广州地铁、港铁及台北捷运从月台一侧到另一侧即可转车的跨月台转乘模式，北京地铁乘客的转乘距离较为遥远，早期线路之间转乘距离平均有128米 。1号线与2号线转乘的复兴门和建国门两站，从1号线转2号线需步行很长的转乘通道。2号线转13号线的两站是目前转乘最为不方便的，一度要步行15分钟 。在西直门站，乘客甚至曾经需要出站才可以转乘。不过在2008年6月9日，西直门站200米长的转乘长廊启用后，已不再需要出站转乘 ；2011年又在2、4号线地下部分修建了一条从13号线通往2号线、4号线的转乘通道，长约170米，转乘距离较原来大为缩短 。一些其他转乘距离较长或转乘条件较差的车站如东直门站等也计划进行改造 。
2007年起，北京地铁新开通线路中，转乘问题得到重视，较以往大为改善，东单和崇文门两站转乘通道内增设了自动步道（其中东单站自动步道由于影响客流通过能力，已于2010年拆除 ），其他车站设置了转乘楼、扶梯，改善了转乘条件 。
由于北京地铁线路多为十字交叉，许多转乘站不适合修建最为便捷的同月台转乘（即跨月台转车）。然而在新线路设计中，出现了若干同月台转乘形式，例如9号线和房山线的郭公庄站（同层同月台转乘）、4号线和9号线的国家图书馆站（同层同月台转乘）、昌平线与8号线的朱辛庄站（同层同月台转乘）、6号线与8号线的南锣鼓巷站（叠落式同向同月台转乘 ），以及9号线和7号线的北京西站（同层同月台转乘）等 。
无法建设同月台转乘的车站，也将尽量改善转乘条件，力争所有新线路之间的转乘站，转乘距离都将不超过100米 。北京地铁转乘条件较好的车站有昌平线与13号线的西二旗站、5号线与10号线的惠新西街南口站、4号线与10号线的海淀黄庄站、10号线与机场线的三元桥站、4号线与2号线的西直门站和宣武门站、5号线与13号线的立水桥站、5号线与2号线的雍和宫站、8号线与10号线的北土城站、5号线与亦庄线的宋家庄站等。新线路之间转乘距离平均为63米，与老线相比缩短了一半 。 北京地铁早、晚高峰限流车站信息线路站点1号线四惠东站、四惠站、军事博物馆站、五棵松站、八角游乐园站、八宝山站、苹果园站5号线天通苑北站、天通苑站、天通苑南站、立水桥站、立水桥南站、北苑路北站、大屯路东站、惠新西街北口站、 天坛
东门站、 蒲黄榆站、 刘家窑站、宋家庄站 13号线上地站、回龙观站、龙泽站、霍营站八通线四惠站、四惠东站、高碑店站、传媒大学站、双桥站、管庄站、八里桥站、通州北苑站、果园站、九棵树站、梨园站
、临河里站、土桥站 昌平线生命科学园站、西二旗站 北京地铁节假日封站信息站点时段前门站每逢五一十一、天安门广场活动经常会封站，一般会从头封到尾（十一经常会封7天站）。天安门东站每逢五一十一、天安门广场活动经常会封站，封闭时间比前门站要短很多（十一一般封站1-3天左右）。天安门西站每逢五一十一、天安门广场活动经常会封站，封闭时间比前门站要短很多（十一一般封站1-3天左右）。和平门站如果天安门广场有重大活动会一并封闭此站，不过时间会很短。前门封站可以考虑从此站前往前门。雍和宫站每年春节由于雍和宫上香人数太多，所以本站会封站。一般到下午15-17时可以恢复。封站期间无法转乘。
由于春节雍和宫附近会有交通管制，前往雍和宫建议从地铁北新桥站下车，其它站都很远。 奥体中心站如果鸟巢、水立方有重大活动经常会封站。动物园站五一十一法定节假日一般会9-16时封站，周末峰值会实行单向进出站。 主词条：北京地铁调价方案
2014年，北京市发改委将召开本市公共交通价格调整听证会。方案将改变北京公交地铁的单一票制，全面实行计程票制，多乘坐多付费，使票制更加公平合理。方案将增加地铁通勤票价优惠政策，降低通勤人员的负担水平。在由北京市发改委、市交通委共同开展的“我为公共交通价格改革建言献策”活动中，共收到24079人提出的40222条意见建议。 先用优惠票价取消月票，之后再涨价，地铁公司是公司还是事业单位
2014年10月13日，北京发改委上午发布公交票制票价调整听证方案，其中，地面公交和轨道交通均实行计程值并按递远递减原则加价。地铁起步价分别为两元和三元，乘客均担分别为4.3或4.4元，同时对通勤族优惠。
为减轻通勤人员负担，每月，乘客乘车使用一卡通支出累计满100元后，超出部分给予8折优惠；满150元后，超出部分给予5折优惠；支出累计达到400元后，不再享受打折优惠。 2014年12月28日起，北京市地铁将正式进入计程时代。北京轨道交通（不包括机场线）调整具体为6公里（含）内3元；6公里至12公里（含）4元；12公里至22公里（含）5元；22公里至32公里（含）6元；32公里以上部分，每增加1元可乘坐20公里。
同时，为减轻轨道交通通勤乘客费用负担，对轨道交通月支出累计满一定金额的乘客给予阶梯折扣优惠，使用市政交通一卡通刷卡乘坐轨道交通，每自然月内每张卡支出累计满100元以后的乘次，价格给予8折优惠；满150元以后的乘次，价格给予5折优惠；支出累计达到400元以后的乘次，不再享受打折优惠。
2014年12月28日起，地铁票将首次设定有效期。乘客刷卡进站后，须在4小时内出站，否则将按单程最低票价补交超时车费后才可出站，如果发现有中途换卡情况处以10倍的罚款，罚款金额最高将达90元 。
2015年12月22日上午，从北京市发改委获悉，月底北京市将在八通线、昌平线一期部分车站点试行低峰票价优惠。试点车站包括八通线土桥站、临河里站、梨园站、九棵树站、果园站、通州北苑站、八里桥站、管庄站、双桥站、传媒大学站、高碑店站11座车站，以及昌平线一期的南邵站、沙河高教园站、沙河站、巩华城站、朱辛庄站5座车站。具体的试行时间预计2015年底新线开通至2016年12月31日期间的工作日。试行工作日7:00（含）前持一卡通刷卡进站票价7折优惠措施。发改委相关负责人表示，遇到车站限流、安检或者其他运营突发情况，导致乘客没有享受低峰优惠，将不再弥补优惠。