一、位置不同
1、机场南站：位于广州市花都区广州白云国际机场1号航站楼。
二、投用时间不同
1、机场南站：于2010年10月30日正式启用。
2、机场北站：于2018年4月26日正式开通并投入使用。
三、规模不同
1、机场南站：机场南站的站厅位于地下一层，站厅付费区位于南北两侧，非付费区则设有售票机、客服中心等设施。
2、机场北站：共有三层，其上盖为广州白云国际机场交通中心以及二号航站楼。地下二层为地铁站厅，地下三层为3号线月台。机场北站站厅设有售票机、自动售卡/充值机、客务中心，以及自动照相机、自动售卖机等自助服务设施。站台南端设有一条单渡线，北端则设有交叉渡线，供所有3号线列车进行站后折返的工作。