南京地铁一号线自奥体中心向东途径小行拐向北，经新街口至终点迈皋桥站。全线共设车站16座，分别为奥体中心站、博览中心•元通站、明基医院•中胜路站，小行站、时光澔韵•安德门站、中华门站、工商银行•三山街站、张府园站、德基广场•新街口站、珠江路站、农业银行•鼓楼站、玄武门站、新模范马路站、南京站站，红山动物园站、高力家具港•迈皋桥站。
南京地铁一号线南延工程由一号线安德门站向南延伸至东山新市区，经过建设中的京沪高速铁路南京站，穿越雨花台区和江宁区，止于中国药科大学站。共设车站15座（不含安德门站），分别为天隆寺站、软件大道站、花神庙站、南京南站、双龙大道站、河定桥站、胜太路站、1912•百家湖站、台湾广场•小龙湾站、竹山路站、天印大道站、龙眠大道站、南医大•江苏经贸学院站、江苏海院•南京交院站、中国药科大学站。
南京地铁二号线起于河西新区的油坊桥，止于仙林新市区，线路贯穿南京主城区的东西向中轴线，连接河西新城区和城东地区，与地铁一号线分别在新街口和元通换乘。分别为油坊桥站、雨润大街站、博览中心•元通站、奥体东站、永隆家居•兴隆大街站、集庆门大街站、云锦路站、莫愁湖站、汉中门站、省中医院•上海路站、德基广场•新街口站、宝庆银楼•大行宫站、军区总院•西安门站、明故宫站、苜蓿园站、下马坊站、孝陵卫站、钟灵街站、马群站、紫东创意园•金马路站、仙鹤门站、学则路站、仙林中心站、中医药大学•羊山公园站、南大仙林校区站、经天路站。