根据方案，杭州市将争取到2010年，先建成轨道交通1号线和2号线。号线，位于城市最主要的客流走廊之上，长度58公里。沿途将经过湖滨、武林广场地区-旅游商业文化服务中心和主要的商贸区，联结“一主三副”，服务临平城、下沙城、江南城、江干区、西湖区、下城区和上城区等城区的客流，1号线还将在九堡客运中心，与可能的沪杭高速铁路/磁悬浮站预留换乘空间，以利于城际客流和城市内部客流之间的集散。
同为主干线的2号线，西起瓶窑，经良渚至古墩路，连接文二路，在庆春路与4号线形成单向同站台换乘，穿钱江新城向南至蜀山车辆段。根据线网规划，2号线近期主要连接两个城市中心和西湖区、上城区、江南城及良渚组团，远期预留延伸到临浦组团的条件。据悉，整条2号线路设计长度为48公里。
规划还确定到2050年，杭州建成8条地铁线路，总长278公里，拥有换乘点24个。与沪杭高速铁路或磁悬浮列车的换乘点，计划设在铁路东站、城站、萧山火车站和九堡高速铁路预留站。
据悉，杭州轨道交通的建设在国内非常有特点，与京、沪已有的地铁不同，将凸显“共轨运营”、“同台换乘”两大亮点。所谓“共轨运营”，就是两列或多列地铁列车可以利用时间差，在同一轨道上运行，以节约投资成本，但对列车的调控、管理提出了更高的要求。。“同台换乘”，指的是乘客从地铁下来，不用出站，走到对面就可以换乘另一列地铁。目前京、沪等内地城市的地铁换乘，往往需要乘客走很长的路，还得走楼梯、乘自动扶梯等，等待时间也较长。“同台换乘”方便乘客，将大大提高杭州地铁的人性化色彩。