南京地铁中华门站有几个出口

中华门地铁站有三个出口。
楼主关注的49路、87路路线，距离中华门地铁站都较远，楼主从哪个口出来都差不多。

南京地铁一号线在中华门火车站（南京南站）内部吗

不知道你是什么意思呢。
首先南京没有中华门火车站。
如果是南京南站的话，地铁一号线南延线是从南站底下经过的。地铁下来之后要搭电梯上到南京南站。
所以可以说，南京南站在地铁一号线南沿线的正上方。