1946年（民国三十五年）《陪都十年建设计划草案》：提出建设高速电车。拟建三条高速电车线，建设标准采用每米重47.77公斤的钢轨，轨距为1米，最大坡度9%，弯度最小半径80米；主城区车速25公里/小时，郊区45公里/小时；车辆长8米，宽1.8米，双电机，每台分别为35马力；车辆带拖车，每列乘240人；初定10分钟发一班，三线每天总运量约10万人次，部分线路在地下。 线路 途经站点 长度（公里） 甲线 龙门浩—小什字—较场口—七星岗—两路口—李子坝—小龙坎—沙坪坝—磁器口 14.75 乙线 龙门浩—烟雨堡—大坪溪—二塘—董家湾—刘家湾—南温泉 19.49 丙线 龙门浩—石坎—大田坎 6.9 1958年，“重庆市市中区地下铁道工程队”成立，拟对原有防空洞进行拓宽、加固，并新挖从十八梯到临江门的地下隧道，工程在进行了一年多后停滞。
1960年，《重庆市城市初步规划（1960-1980年）》提出：建设“直通与环状”线网布局的“地下快速铁道线网”，以市中区为核心，将新牌坊、小龙坎、杨家坪、石桥铺、两路口等地区串联起来，总长约100公里。
1965年，“重庆市中区地下铁道工程处”再次成立，工程处共分4个工程队，共有1000余人。
1966年下半年，工程再一次瘫痪。但工程基本完成了市中区的地下隧道网：千厮门、望龙门、中华路、十八梯、兴隆街、枣子岚桠、燕喜洞部分贯通。至1971年，工程处被迫停工解散，修建的隧道移交人防部门。
1983年，《重庆市城市总体规划（1982-2000年）》提出：建设“地下铁道”，由朝天门至杨家坪，沿途经过较场口、菜园坝、两路口、鹅岭、大坪、谢家湾，全长约12.2公里。如今的轨道交通2号线走向与这个线路基本一致。此外，该规划提出，菜园坝火车站改建后，由梨树湾经沙坪坝至菜园坝的铁路联络线开行城市列车，发挥轨道交通功能。
1988年，重庆曾引入外地商人组建地铁集团投资修建地铁，公司设两路口，并曾开工建设，主要仍是在原人防工事基础上扩展施工。 1991年，《重庆市综合交通规划（1990-2005年）》提出：建设“南坪—新牌坊、朝天门—双碑、朝天门—九宫庙”3条干线轻轨，以及“杨家坪—石桥铺”轨道连接线的规划方案，线网总长约55公里。如今的轨道交通1、2、3号线走向与其基本一致。 线 路 线路走向 朝沙线 朝天门—较场口—七星岗—两路口—大坪—石桥铺—沙坪坝（远期延伸至双碑） 朝新线 朝天门—较场口—七星岗—两路口—大坪—杨家坪—马王场—新山村（远期延伸至九宫庙） 新南空客线 新牌坊—南坪（适时延伸至四公里） 杨石连网线 杨家坪—石桥铺 1998年，《重庆市城市总体规划（1996-2020年）》提出：在1991年综合交通规划基础上，保留了朝沙线，调整了朝新线半岛地区走向，将新牌坊—南坪线北向延伸至江北机场，将杨家坪一石桥铺连网线东向延伸至四公里，增加五号线童家院子—冉家坝—高家花园大桥—杨公桥—上桥—中梁山。轨道线路总长约119公里，线网密度约0.36公里/平方公里。
2000年12月26日，经国务院批准，2号线一期工程较场口至动物园段全面开工。该工程被列为国家西部大开发十大重点工程，并于2001年4月获得由日本政府提供的政府间发展援助(ODA)270亿日元（折合人民币19.92亿元）贷款。
2003年《重庆市主城区综合交通规划（2002-2020年）》和2007年《重庆市城市总体规划（2005-2020年）》提出：主城区轨道交通线网格局扩展为“九线一环”，该线网骨架承袭了1998年总体规划轨道线网结构，总长约522公里，线网密度约0.66公里/平方公里。 2004年11月6日，2号线“大坪至动物园”段开通观光运营，在逐步增加站点、增加班次、降低票价后，于2005年6月18日正式开通运营。
2006年7月1日，2号线向南延伸至新山村。
2007年4月6日，3号线一期工程“二塘至龙头寺”段开工；同年6月18日，1号线一期工程朝天门至沙坪坝段开工。
2011年7月28日，重庆首条地铁（重庆轨道交通1号线）“小什字至沙坪坝”段开通试运营。
2011年9月29日，3号线“两路口至鸳鸯”段开通试运营。同年11月8日，向北试运营延伸至长福路段；12月30日，二塘至江北机场全线39公里开通试运营。重庆轨道交通初步进入网络时代。
2012年9月28日，6号线“五里店至康庄”段建成通车。
2012年12月20日，1号线“沙坪坝至大学城”段建成通车。
2012年12月24日，国家发改委以发改基础【2012】4042号文正式批复了《重庆市城市轨道交通第二轮建设规划（2012-2020年）》。
2012年12月26日，6号线“康庄至礼嘉”段开通试运营。
2012年12月28日，3号线“二塘至鱼洞”段建成通车。
2013年2月22日，国家发改委正式批复了《重庆市城市轨道交通近期建设规划（2012-2020年）》。获批规划项目共8个，全长215.04公里，项目总投资约1097亿元。
2013年5月15日，6号线支线一期“礼嘉至悦来”段开通试运营。
2013年12月31日，6号线二期“礼嘉至北碚”段建成通车，标志着轨道交通全部覆盖重庆主城九区。
2014年12月30日，1号线向西延伸至尖顶坡；2号线向南延伸至鱼洞；6号线向东南延伸至茶园，标志着重庆轨道交通第一轮建设基本完成。
2015年，重庆轨道交通在建线路共153公里，计划完成投资190亿元。轨道交通第二轮建设计划剩下63公里未动工，包括9号线一期和二期、10号线二期、6号线支线二期这“三线四段”的拟建线路，各项前期研究工作正在开展并即将启动节点工程建设。
2016年3月中旬，重庆轨道交通免费WiFi正式上线。