深圳地铁4号线是在地下运行的吗

严格来说不是。深圳地铁4号线清湖——白石龙站是高架站（建在天空上的），而民乐站是地面车站（建在地上的），上梅林站——福田口岸站是地下车站，建在地里的，所以不完全是地下运行的车辆。