根据网络地图查询结果显示，从南京火车站到南京大屠杀纪念馆坐地铁需要换乘一次，具体换乘方案有两种，另外也可以选择直达公交，详细说明如下：
1，地铁1号线→地铁2号线
从南京站出发，步行123米，到达地铁南京站站，4号口进，乘坐地铁1号线，开往中国药科大学方向，5站后在新街口换乘地铁2号线，开往油坊桥方向，4站后在云锦路下车出站，再步行524米即到目的地。
本乘车方案全程历时约34分钟，总步行距离约1.1公里，车费4元。
2，地铁3号线→地铁2号线
从南京站出发，步行286米，到达地铁南京站站，6号口进，乘坐地铁3号线，开往秣周东路方向，4站后在大行宫换乘地铁2号线，开往油坊桥方向，5站后在云锦路下车出站，再步行524米即到目的地。
本乘车方案全程历时约39分钟，总步行距离约1.2公里，车费4元。
3，510路公汽
从南京站出发，步行94米，到达地铁南京站北广场西公交站，乘坐510路公汽，开往江浦客运站东（2站台）方向，19站后在典雅居站下车，再步行2公里即到目的地。
本乘车方案全程历时约1小时32分钟，总步行距离约2.1公里，车费2元。