地铁S1号线二期全线共设车站6座，分别为禄口新城南站、铜山站、石湫站、明觉站、高淳北站以及高淳站。跨石臼湖时，将是三座大桥并肩在其一，中间一座是负责地铁跨湖的桥梁，两边的桥是宁高新通道的道路。
地铁S1号线二期与公路宁高新通道大部分并线，将同步建设。根据示意图，一开始的一段，地铁线会位于公路的两侧，其后的主要部分则是地铁线夹在公路的中间。据悉，地铁S1号线二期将于2014年底与土建同步建完，然后移交到市地铁总公司，预计2016年南京地铁S1号线二期建成运营。根据这条线设计的120千米时速计算，以后从禄口机场乘坐S1号线到高淳只要半个多小时。 正在运营的南京地铁1号线、南京地铁2号线的设计时速均为80千米/小时。这两条主城骨干线路站点众多、站间距较小，所以采用了这一较慢的时速。而运营中的南京地铁S8号线一期和南京地铁S1号线一期（机场线）站间距较大，衔接主城和郊区，则采用了100千米/小时的较快时速。设计中的地铁S1号线二期将从翔宇路南站南延伸出往高淳城区方向，设计了地铁最高时速120千米/小时，将大大缩短高淳和主城区的时空距离。
此前有关注地铁建设的市民建言，能否将地铁S1号线二期的设计时速再提升一下，达到160千米/小时的水平。南京地铁建设指挥部网络发言人解释，轨道交通的运营时速直接涉及到运营制式，包括车辆、供电模式等都会发生变化，120km/h已经是“地铁”的极限，160km/h则要使用国铁模式。从资源共享及工程经济等方面考虑，120km/h是较适宜的，能满足城际线路运行时间的要求。按照120千米/小时的设计时速计算，从禄口机场到高淳最快半个小时可以达到。
2015年之前，南京还将规划建设南京地铁S7号线（又称宁溧城际），这一线路将从禄口国际机场延伸出来，全长约30.145千米，设8座车站。地铁S1号线一期（机场线）已建成运营，地铁S1号线二期、地铁S7号线计划在2016年投入运营。截至2014年底，这三条线将如何组织运营，是否贯通运营，宁高一期和哪一条线贯通运营，都还没有确定，但都预留了贯通运营的条件，将来可能采用混跑方式，比如一趟是从溧水开来的车开往南京南站，另一趟是从高淳开来的车往南京南站。届时会实现不同区段不同限速，在宁高二期跑120千米/小时，到了一期段就减速跑100千米/小时。