1904年的10月27日，时任纽约市长的乔治·麦克莱兰手握操纵杆，开始了纽约地铁的处女回行，用26分的时间答跑完了全长9．1英里、途经28个车站的全市第一条地铁线路。
1953年，一项输送系统工作模型被提出，以取代时报广场与中央车站之间的短程穿梭列车，但最终并未实现。
1994年，纽约市捷运局推出新票证系统—MetroCard来取代代币，1997年新增2小时内转乘免费的优惠。
2002年时每工作日会有450万名乘客使用地铁通勤。
代币于2003年走入历史，同年运输署将基本车资调涨至美金2元，此举引发诸多抗议。
2005年，月票价格调涨，基本车资不变。计划中的纽约地铁第二大道线就含一段修改IRT路线的计划。
2005年伦敦地铁发生爆炸事件后，纽约市警察局开始在纽约地铁内随机抽查乘客的行李，此举也引发种族歧视的争议。
2014年，纽约地铁总客流量超过17.5亿人次，工作日平均每天客流量约560万人次，周六平均每天客流量为320万人次，周日平均每天客流量为270万人次。客流量持续上涨，2014年9月23日，超过610万人次使用纽约地铁系统，打破自1985年来的最高单日客流量记录。
纽约地铁的未来规划
纽约地铁第二大道线
此线计划早在1920年代就被提出，经过50年后才开始兴建。碍于财政困难、进度缓慢而被放弃，现今在中国城、东村及上东城仍存一小部分，可是长度过短，没被使用。2014年底开通运营。
地铁自动化
自动化曾于1958年试用在42街接驳线，但1964年4月24日列车在大中央车站起火，计划于是取消。
计划重启后由西门子交通技术集团负责，计划导入一人行车系统（One Person Train Operation，OPTO）及通讯式列车控制系统（Communications-based Train Control，CBTC），预计耗费20年。完成后可让成本降低、行车更安全。
IRT法拉盛延伸线（7号线延伸线）
纽约市为申办2012年夏季奥运提出哈德逊再发展计划，将IRT法拉盛线（即7号线）往西延伸两个车站，兴建一地下机厂、平面为纽约喷汽机的体育场。当纽约被淘汰后，体育场的计划也随即取消，但延伸线计划继续进行。甚至有计划跨越哈德逊河延伸至新泽西州的霍博肯，成为纽约地铁第一条跨州路线。该工程计划2020年前完工。
福尔顿街转运中心（Fulton Street Transit Center）
转运中心主站体位于曼哈顿威廉街以及约翰街交叉口附近，预定将现今的福尔顿街车站、过港捷运的世贸中心车站以及因911事件关闭的科特兰街-世贸中心车站整合为一体，2019年完工后将成为12线交会的地铁车站。