1，这个就是JR的路线图，没错
2，图里黑色方块是高速列车的停靠站点，其他的图太小看内不清。容JR很奇葩的，比如你做他的车从大阪到关西，一共有10节车厢，可能只有前5节车厢到关西，而后5节车厢在别的站就不走了，所以你一定要问清楚！
3，可以换成的
4，东京我没去过，但是关西地方（大阪、奈良、京都）买JR绝对划算
5，通商
6，有钱的话你可以住梅田...梅田是商业区，酒店的价格不便宜，南波我没在哪里住过所以不敢乱说。
京都的话随便你住哪里....京都车站附近旅馆多，但性价比不高。
7，JR当然可以，你甚至可以做巴士...
日本东京地铁线路图
这个问题范围太大了。。。
东京的地铁线是全日本最错综复杂的。如果你是来旅游的话，东京メトロ地铁公司会有免费地铁图给你，按照那个走就行了。