一、主体不同
1、穗莞深城际深圳机场站：即深圳机场站，位于中国广东省深圳市专宝安区属，是中国铁路广州局集团有限公司（广州铁路局）管辖的铁路车站，途经该车站的是穗深城际铁路。
2、深圳机场北：位于中国广东省深圳市宝安区，当前是穗深城际铁路上的一座车站，隶属中国铁路广州局集团有限公司（广州铁路局）管辖。
二、位置不同
1、穗莞深城际深圳机场站：深圳市宝安区航城街道深圳宝安国际机场西北部（T4航站楼地下）
2、深圳机场北：车站与深圳机场T3航站楼和深圳地铁11号线机场站之间300多米的联络通道已经实现贯通，穗深城际通车之后，将能方便地从深圳机场站进入到T3航站楼或换乘深圳地铁。
三、临近车站不同
1、穗莞深城际深圳机场站：上行：福海西站。下行：深圳机场站。
2、深圳机场北：上行：深圳机场北站。下行：西乡站。