经过多次调整线路规划，根据最新发改委十三五轨道交通规划方案（2015-2021）。目前确认S6为老机场（顺义）和新机场（大兴）联络线，原有牛栏山、马坡、顺义站确认取消。
一期：
牛栏山（已取消）
马坡（已取消）
顺义（已取消）
一期支线：
首都机场3号航站楼东
一期：
国门商务区
徐辛庄
龙旺庄
通运门
通州火车站
京州
万盛南街西口
亦庄火车站
北京地铁亦庄线
马驹桥
鹿海园
瀛海
磁各庄
黄村火车站
二期：
芦城
阎仙垡
广阳城
良乡火车站
经过多次调整线路规划，根据最新发改委十三五轨道交通规划方案（2015-2021）。目前确认S6为老机场（顺义）和新机场（大兴）联络线，原有牛栏山、马坡、顺义站确认取消。
一期：
牛栏山（已取消）
马坡（已取消）
顺义（已取消）
一期支线：
首都机场3号航站楼东
一期：
国门商务区
徐辛庄
龙旺庄
通运门
通州火车站
京州
万盛南街西口
亦庄火车站
北京地铁亦庄线
马驹桥
鹿海园
瀛海
磁各庄
黄村火车站
二期：
芦城
阎仙垡
广阳城
良乡火车站